很多人对“有机的食品是否更营养”有疑问，其实，有机食品不是增加营养，而是减少伤害。美国斯坦福大学的科学家在《内科年鉴》发表的报告说，在分析了5000多篇学术论文，综合过去40年中237种有机食品和普通食品的比较分析后指出，有机食物对成年人的健康效果不显著。领导斯坦福大学和帕罗奥多退伍军人医学中心研究小组的斯潘格勒说：“人们选择购买有机食品的原因很多，其中一个重要考量就是这类食品更健康。”斯潘格勒说，她和同事分析了200多份研究结果。这些研究有的比较食用有机食品和传统食品人们的健康，更普遍的是比较有机食品和传统食物中养分和污染物的含量。这些食物包括有机和非有机的水果、蔬菜、谷物、肉类、家禽蛋类和牛奶。斯潘格勒和同事发现，在有机的和传统的植物或动物产品中，维生素含量没有差别，唯一的营养素差别是，有机食品含的磷稍多一些。还有少量研究发现，有机牛奶和鸡中，也含有稍多的欧米伽-3脂肪酸。有三分之一的传统食品含有可以检测到的农药残留，而有机产品样本的比例为7%，另外跟传统食品肉类相比，有机猪肉和鸡肉含有对三种以上抗生素有抗药性的细菌要少33%。
目前有机食品的主要优势是安全性比普通食品高，因为其要求生产环境洁净、无污染；在生产过程中不允许使用人工合成化学物质，例如农药、化肥等。95%原材料必须符合有机食品标准，对厂区、设备、工艺、卫生条件和生产人员有严格要求。美国儿科学会在一份名为《有机食品：健康及环境优势和劣势》的报告中指出，与传统食品相比，有机食品在杀虫剂残留水平方面优势明显。以有机方式饲养的家畜染有耐药细菌的可能性较低，因为在饲养过程中，它们只在生病时才会服用抗生素。但有机食品在维生素、矿物质、抗氧化剂、蛋白质等营养成分含量上与传统食品并无区别。报告认为，“从长远角度来看，没有直接证据表明，食用有机食品能改善健康或降低生病风险”，科学界迄今尚未就这一问题征集大量志愿者、开展大规模测试。这份报告同时发表于正在美国新奥尔良举行的美国儿科学会年会及《儿科学》期刊网络版上。报告作者、美国儿科学会营养委员会委员珍妮特·西尔弗斯坦说：“最重要的是孩子们应该多吃蔬菜、水果、全谷物、低脂或脱脂奶制品——不管它们是‘有机’的还是‘传统’的，这些饮食已被证明对健康有益。我们不希望有些家庭因为选择价格昂贵的有机食品而减少健康食品的总体摄取量。”
2015年10月份环保领域的权威杂志《环境健康展望》发表了一篇原创科研论文，作者们发现美国加州萨利纳斯地区与奥克兰地区儿童服用有机食品可显著降低有机磷类杀虫剂代谢物和2,4-D（2,4-二氯苯氧乙酸，除草剂）的尿浓度量。瑞典环境研究所也对有机食品的功效展开了最新的研究。科学家招募了三个家庭，家中分别有3对父母和12岁、10岁及3岁的5个孩子。家庭每个成员，首先吃一个星期的传统食品，接下来再吃两个星期的有机食品。在测试期间，每个家庭成员将晨尿样品供科学家对其中的已知12种农药或代谢物作分析。结果表明，当家庭成员改吃有机食品时，他们体中的农药含量急剧下降。“改吃有机食品促使人体中农药含量平均下降了9.5倍”，首席研究员Magnér 说：“孩子体中的农药含量下降幅度最大。”农药离开人体的速度之快，使得他和同事们都很惊讶。据Magnér 透露，“如果你担心化学农药影响身体健康，你可以通过食物来控制。”Magnér 认为，种植有机食品还可以帮助那些经常暴露在大量农药中的人，如农民，减少与农药接触的时间。
2014年澳大利亚皇家墨尔本理工大学（RMIT University）的研究显示，仅短短一星期摄取大部份(并非全部)为有机食物的饮食组合，可惊人地减低90％杀虫剂的接触量。研究人员发现，参与者前一周食用传统食物，后一周摄取大多是有机食品，尿液中二烷基磷酸盐的浓度降低了89％。该研究主导研究员奥茨(Liza Oates)博士说：“研究结果表明，参与者转而食用有机食物只有短暂一周，体内农药残余量便大为减轻，这亦意味有机饮食预防体内农药残余量的取向，发挥了关键作用。”研究人员随机分配13名成人，他们摄取超过80％的“普通”饮食，亦即生长中使用农药、化肥和经过转基因的农产品，7天之后，所有参与者转换至80％以上的有机食物。饮食控制期间，每餐后的尿液样本皆采样检测。研究小组检测参与者尿液的6种化学物质浓度──二烷基磷酸盐(dialkyl phosphate, DAP)家族，这些是人体分解有机磷杀虫剂，所产生的各种化学物质。
奥茨博士表示，传统的粮食生产通常使用有机磷杀虫剂，这些毒素会对昆虫神经系统起作用，同时也阻断人体某种重要酵素(酶)生成。即使这些化学物质在体内浓度相当低，其他新近研究亦表达了其对人体健康影响的关注。美国哥伦比亚大学、加州大学伯克利分校和曼哈顿西奈山医院的科学家，对那些怀孕期间接触过较高剂量的有机磷酸酯类农药的女性和其孩子进行了数年跟踪调查发现，上小学时，这些孩子的智商要比其他孩子平均低好几分。近日研究也发现，在母亲子宫中接触过毒性农药的儿童，他们入学时的智商比没有接触过毒性农药的要低。此外，研究所得出的另外一个结论是：如果母亲在怀孕时曾经接触过有机磷农药，那么这些儿童的智力会表现出更大的落差。
美国环保团体环境工作小组（EWG）每年采用美国农业署的研究数据，公布蔬果农药残留排序清单。EWG分析，全然避免食用“12种肮脏蔬果清单”(Dirty Dozen List)中的传统农产品，亦就是12种污染最严重的蔬果，进而选择“15种干净蔬果”(Clean Fifteen) 清单中的食物，亦即15种最不被污染的农产品，便可降低80％的农药负担风险。美国非营利组织EWG公布2014年农药残留最高的12项农产品：苹果、草莓、葡萄、芹菜、菠菜、桃子、甜彩椒、油桃（进口）、黄瓜、樱桃、西红柿(番茄)、豌豆（进口）、土豆(马铃薯)。其次，亦可经由多吃素的方式，减少毒素摄取，尤其是多食用有机食品，及避免食用清单中12种肮脏蔬果。2010年的研究揭示，进入佛教寺庙生活5天，采用与僧人相同的生活方式，包括不吃肉，尿液中的抗生素和邻苯二甲酸盐(phthalates)浓度出现了急遽下降的迹象。
以下是美国非营利环境工作研究组织所评选的最干净水果。
洋葱：洋葱制造自己的防护品，含有硫化合物，阻止昆虫咀嚼。虽然农民在生长季节初期喷洒农药，残留物在收割时因外层的脱落而同时被除掉了。
鳄梨：大部份的农药是堆积在果皮上。
甜玉米：残留农药在外壳上面。
凤梨：喷洒在生长季节初期便喷洒了农药，所以收获后残留极少。而极少的残留也只是在厚厚的外皮上。
芒果：农药会残存在外皮上。
甜豌豆：受他们的豆荚保护。
芦笋：生长很快，几乎没有时间给昆虫攻击。
狝猴桃：草蛉和寄生蜂帮助控制喜欢吃狝猴桃的害虫。
卷心菜：虽然喷洒农药，但吸收农药外叶销售前被丢弃。
茄子：茄子有一个光滑的表面，农药容易掉落。
甘藷：甘藷有内置的防御。如果被咬，它会渗出一乳白色汁液把昆虫口黏住。甘藷在高温和高湿下自已愈合。这会导致外皮增厚，提供保护防止被伤害和产生疾病。
而诸如哈密瓜、西瓜、柚子等水果虽然在种植过程中也被喷洒杀虫剂，单由于受到厚的果皮保护，残存的化学药剂均留在厚厚的外皮,而我们不吃皮的。
只要记住，无论你选择传统或有机的，最好还是多吃水果和蔬菜。而且不管购买任何蔬果，都要清洗或削皮后才可食用。专家建议：清洗的方法有很多种，可以先浸泡后再多换几次水，或是将自来水开细细的一直线，蔬果尽量离水龙头近一点，让水慢慢地流动，注意水不能开太强，否则水泡会使余氯消失，所以要注意水流大小。
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