亦思巴奚兵乱是元朝末年的1357年至1366年间在福建发生的一场长达近十年的以波斯色目人军队“亦思巴奚军”为主的军阀混战，由于“亦思巴奚”是泉州波斯人的武装，因此此事件也被称为“波斯戍兵之乱”。在兵乱期间，亦思巴奚军割据泉州并插手福建政治，一度北上占领了福州，还参与了兴化的乡族内战，引发了福建沿海的多个派别参加的大规模混战，后来又与元朝的福建行省政府直接对抗，最后被元朝将领陈友定平定。这场兵乱波及泉州、福州、兴化等地，造成大量平民的死亡，兵乱期间和过后还发生了宗教和民族仇杀，它重创了泉州、兴化一带的社会经济，更导致当时世界最大港口泉州盛极一时的海外贸易大幅衰落，泉州的伊斯兰教也渐渐衰退。
亦思巴奚兵乱长达近十年之久，对泉州、兴化一带的社会经济产生了极大的破坏，人民饱受战乱，死伤无数，尤其在那兀纳统治泉州期间大肆搜刮财产和民女，屠戮泉州百姓，对泉州社会造成重创。兴化路三县在战争中有超过2万民众死亡，4万多座房屋被焚毁。因为战争和兵乱期间教派暴力对抗的关系，泉州很多清真寺都被毁坏，现今仅存通淮街的清净寺这一座古清真寺，泉州的伊斯兰教因此衰落。连基督教（天主教）也受到连累，主教哲姆斯离开泉州，泉州基督教因而中断了约200年。亦思巴奚兵乱带来了严重的族群间的仇视和对立，汉人对色目人的仇恨在亦思巴奚兵乱被平定后开始发泄出来，陈宗海部队占领泉州后进行了3日的大屠杀，许多色目人遇害，甚至有汉人因为长着高鼻梁或卷发而被误杀的，也有掘墓鞭尸的行为出现，蒲寿庚家族坟墓被掘开，其家族成员更是多有受酷刑之后被杀的。由于战乱和仇杀，外国商人几乎不敢赴泉州进行交易，番舶不敢进港，大量番商外逃，外侨社区解体，泉州的海外贸易和商业遭受近乎毁灭性的打击，经济一落千丈，泉州港开始走向没落。
对于亦思巴奚战乱，历代各方的学者大多都持否定的态度，认为它造成了生灵涂炭、民族仇杀、人口减少、经济衰退、泉州港盛极而衰的严重负面影响。但对其起因和性质，学界则有不同的看法。代表明代官方学者观点的《元史》把亦思巴奚兵乱认为是一场反对元朝政府的叛乱事件。而现代一些研究者认为亦思巴奚战乱乃是元末福建政府和地方豪强之间争权角力引发的，是由福建行省平章政事（称为“省”）和廉访使（称为“宪司”）之间争夺权力的“省宪构兵”所引发，继而进一步引起地方豪强的争战。也有人将亦思巴奚战乱归因于泉州逊尼派穆斯林和什叶派穆斯林之间的教派冲突，而战乱前后都伴随着两大教派间的冲突乃至杀戮。还有一种说法是亦思巴奚军意在反叛元朝，是波斯人企图以泉州为基地建立亦思法杭国的事变，这种说法在史学界也颇具影响力。另外一种说法是亦思巴奚兵乱是元朝宫廷斗争在福建的反映，是元顺帝朝廷中以阔廓帖木儿为首的老帅派与以太子识里答腊为首的太子派之间为争夺元朝最大港口泉州的巨额商业利益而引发的派系斗争、而亦思巴奚军诸首领仅是宫廷斗争的工具甚至牺牲品。也有人将此战乱归结为泉州色目人对元朝政府压迫的反抗。
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