最高检特侦组侦办国安秘帐案，未采取“就讯”的礼遇方式，传讯李登辉到特侦组说明。李应讯三个小时，对检方提问大都以“不清楚”、“不记得”、“不知道”三不政策回应，甚至说他和刘泰英“不太熟”。
李登辉卸任总统后，曾因总统任内密使案、宋楚瑜兴票案、国务机要费案、拉法叶案，多次在台综院、大溪鸿喜或翠山庄接受检察官讯问；这是因为检方对卸任总统的尊敬，而且李登辉都是“证人”身分。
兴票案重启调查后，李登辉主动要求亲赴台北地检署作证。法院审理刘泰英的新瑞都案及国安局前会计长徐炳强案，两度传唤李登辉到庭作证。但今年五月卅一日下午，李登辉首度以“被告”身分，由律师顾立雄陪同赴特侦组应讯。
郭永发、张进丰及林丰文三位检察官联合侦讯，准备上百个问题。李登辉虽然侃侃而谈，却是“实问虚答”；针对检方提问的案情部分，李登辉往往以时间过久，不记得或不清楚回答。
检方为了协助李登辉记起来，提示证物包括国安局已故前局长殷宗文当年面呈总统的大签，有关奉天专案基金库存明细表等，上面还有李登辉的签名；李登辉也只淡淡地说：“上面有我的签名，我应该有看过，但时间太久，已经不记得了。”
李登辉身为台综院荣誉董事长，卸任后还在台综院办公，但对于刘泰英与殷宗文等人将国安秘帐的钱挪用购买台综院办公处所等过程，他辩称这是国家依卸任总统礼遇条例所作的，相关过程是部属执行，如何购买、用那些钱买，他都不知情。
更让检方跌破眼镜的是，刘泰英证称当初是向李登辉报告、经他同意，才规画设立台综院，拟作为他卸任总统的办公处所；但李却一度说出“我跟刘泰英不太熟”。
国安秘帐爆发后，刘泰英、殷宗文与徐炳强赴大溪鸿喜山庄和李登辉密商补正公文，但李否认知情，且说，“他们是分别来找我，我当下拒绝，因为补正公文是伪造文书，我怎么能签？”于是由徐、殷、刘共同签名写下备忘录载明秘帐流向等内容。但检方认为，李的反应有违常理，若李不知情，应该当场跳脚，而非不愿签名，所以不采信他不知情的说法。
