在此同时，中共中央台湾工作办公室负责人14日表示，大陆方面高度关切台湾风灾的救灾情况，根据台湾有关方面公布的救灾物资需求，中台办正在积极组织相关救灾物资，为台湾同胞救灾和灾后重建提供各种必要援助。
马英九14日在上任后首次的国家安全会议指出，莫拉克风灾严重程度超过50年前八七水灾，高县甲仙乡小林村罹难者估计约380人，死亡总人数上修至500以上，还有7000余人无家可归，财产损失超过500亿元新台币。
台湾蓝绿两阵营对外交部婉谢外援的公函，纷纷责难。这封在14日曝光的公函，于8月11日由外交部通发给驻外使馆，内容重点是台湾不需要外国援助。外交部强调事先征询过消防署长黄季敏，消防署表示没需要外援，但消防署则说「外交部从未征询」。为此，黄季敏亲自反驳外交部，他表示，这次灾情如此重大，消防署欢迎各国救难队伍援助，他问过消防署所有干部，都没有接获外交部征询，更没有拒绝外援，可能讯息有错误。
行政院长刘兆玄对此表达强烈不满，认定外交部是严重失误，将等外交部长欧鸿鍊返国后议处。至于外交部和消防署的责任归属，行政院高层官员认为，消防署只是被动接受征询，说法是「暂不需要」，外交部却通令各外馆表示婉谢，把责任推给消防署太牵强，办外交的人应该有所判断。
台湾《商业周刊》总主笔郭崇伦相信，随著死亡人数大幅上升，马政府所受到的政治压力也将越发沉重，马英九将被迫对若干部委作出人士调动，一些官员将势所难免因次而丢官。他说，民进党2000年执政初期，也因为中南部八掌溪四名工人被洪水灭顶死亡事故，惩处了多名官员，相对之下，八八风灾对全台湾所造成的伤害要严重多了。
外交部发函风波起源，是因为八八风灾引发的灾情引起国际注意，部分国家表示有意伸出援手，美国最早表达意愿，日本、新加坡、欧洲各国，也陆续透过台湾驻外馆表达愿提供援助。依据外交部说法，八月十一日上午，外交部政务次长夏立言召开会议，讨论如何处理外国援助。夏立言当场致电行政院国土安全室主任张志宇，请示如何回覆。
据外交部转述，张志宇当时表示，这需要中央灾害应变中心做专业评估，张志宇因此致电消防署长黄季敏，获得明确讯息表示「暂无需要，敬请婉拒」，外交部由新闻文化司拟妥电文，次长林永乐批示后，转电务处拍电报通令各外馆。外交部通令外馆的电报只提到后半段「婉拒」外援，却没提到前半段「暂无需要」，电报内容是：「倘驻在国政府或民间欲提供救援物资或派遣救援团队，请贵馆处予以婉谢」。消息曝光，舆论譁然，刘兆玄要求严加议处，蓝绿立委齐声痛批。
