行政院长刘兆玄在行政院院会中呼吁相关各方冷静克制。
他表示期盼北京当局展现最大宽容处理，并保障当地台湾人民的人身财产安全。
据新闻局长苏俊宾转述，刘兆玄说中华民国政府对乌鲁木齐发生的严重流血暴力行为予以强烈谴责，并对因此造成的伤亡表示高度关切与遗憾。
刘兆玄并说，中华民族是坚决主张族群和谐共存的民族，且两岸都已签署"联合国公民与政治权利公约"以及"联合国经济社会与文化人权公约"。
他表示，人民有信仰宗教，言论与集会结社自由，这是基本人权也是普世价值，希望大陆当局展现最大宽容，处理这次事件。
新疆骚乱事件后在野的民进党要求台湾政府表态，这是继陆委会的声明后，台湾政府高层再度对此一事件表达关切。
虽然执政的国民党与在野民进党都发表强烈谴责，但民进党谴责的是betway必威体育官网 政府对人民暴力镇压，而行政院谴责的是流血冲突。
陆委会声明
台湾主管两岸事务的陆委会先前发表声明，对此一事件中出现的暴力行为予以严厉谴责。
陆委会呼吁，北京当局在司法调查与审理过程中，对因为此一事件而遭受逮捕的民众，应给予人道，公平与公正的待遇，尽快还给无辜的人自由与清白。
陆委会并说，希望大陆方面能加速落实两项已签署的两项国际人权公约的相关改革。
陆委会除了要求北京当局保护在当地居住，经商与旅游的台湾民众人身与财产安全外，并呼吁台湾民众当地治安尚未完全恢复前，前往新疆应特别谨慎小心，或考虑暂缓行程。
除了新疆情势外，陆委会在声明中也呼吁北京对于人签署"０８宪章"的betway必威体育官网 大陆与海外人士，能展现最大宽容，妥善处理民意表达、群众事件与种族问题。
陆委会说，由衷期盼大陆在政治，经济与社会各方面的发展脚步能够齐一，加速迈向自由、民主、均富的大道。
