蔡元培从51岁出任北大校长到61岁最后卸任，共在任十年，但实际上在校时间不足五年，期间他曾七辞北大校长而不准。有人曾做过统计，说蔡元培一生辞职了24次。蔡元培为何在北大就辞职了七次呢？我们先来看看蔡元培在北大的辞职表：
1917年1月4日，蔡元培开始就任北京大学校长一职。1917年7月3日，蔡元培热情洋溢的就职演说词还回旋在北大的学子的耳边，但为了抗议张勋复辟，蔡元培就向当时的总统黎元洪递交了辞职书。
“张勋复辟”的闹剧仅12天就结束了，蔡元培于当月23日回北大。这是蔡元培第一次辞北大校长职。
1918年5月22日，为抗议“中日防敌军事协定”，蔡元培提出辞呈。这是蔡元培第二次辞北大校长职。
1919年五四运动爆发后，北大学生到天安门游行，被北洋政府抓捕。蔡元培四处奔走要求释放，5月7日，学生终于被放出，蔡元培于次日公开通电，引咎辞职。并于5月9日悄然离京，这次辞职引发广大师生挽蔡大行动，北京各大专学校校长于5月13日齐上辞呈。北洋政府一再挽留，包括总统徐世昌在内，蔡元培辞职未成。这是蔡元培第三次辞职。
1919年12月31日，蔡元培第四次辞北大校长职务。当时北大教职员工因不信任教育部，全体停止职务，蔡元培辞职。
1922年10月19日，蔡元培第五次辞北大校长职，有人说这是蔡元培最为坚决的一次辞职，当时北大学生发生讲义风潮，对讲义收费不满而闹事。据蒋梦麟回忆说，当时蔡元培很生气，说“我和你们决斗”。甚至蔡元培还对学生说：“我是从手枪炸弹中历炼出来的，你们如有枪炸弹，尽不妨拿出来对付我”。最后，风潮由胡适调停解决。
1923年1月17日，蔡元培第六次愤而辞职，缘于“罗文干案”。因曾在北大任教、当时担任财政总长的罗文干被冤枉逮捕。当时有人控告罗文干贪污受贿，罗文干被捕后，司法机关因为查无证据宣布无罪释放罗文干，新任的教育总长彭允彝却在内阁会议上提议“再来过”，罗文干再次被捕入狱。
蔡元培了解罗文干的为人，为抗议北洋政府的这种做法，蔡元培愤然提出辞职，并公开在《北京大学日刊》发表辞职声明。还写了著名的《关于不合作宣言》的文章，发表在上海《申报》。说“耳目所及，举凡政治界所有最卑污之罪恶，最无耻之行为，无不呈现于betway必威体育官网 ”，“国人十年以来最希望之司法独立，乃行政中枢竟以威权干涉而推翻之”，“元培目击时艰，痛心于政治清明之无望，不忍为同流合污之苟安，尤不忍于此种教育当局之下支持教育残局，以招国人与天良之谴责”，言辞之激烈之痛切，是历次辞呈之最。
蔡元培这次辞职反响很大，舆论强烈，不仅教员和学生挽留，最后连总统黎元洪也出面挽留，但蔡元培仍不回校，让蒋梦麟代理校长，北洋政府也不免他的职。倒是教育总长彭允彝因为蔡元培的辞职丢了乌纱帽，因此而下台了。
1926年7月8日，蔡元培第七次辞北大校长职务，仍没有获准，但他也没再回到北大。直到1927年7月张作霖取消北大改为京师大学校，蔡元培的校长名义才取消。
十年间，北洋政府的总统都换了五任，内阁总理换了三十次，蔡元培一直是北大的校长。但蔡元培为什么一次又一次地辞去北大校长的职务？也许我们可以从他的辞职书里寻得一些原由。
1923年1月17日，蔡元培在为“罗文干案”辞职时，在《晨报》刊发辞去北大校长职务的声明：“元培为保持人格起见，不能与主张干涉司法独立、蹂躏人权之教育当局再生关系，业已呈请总统辞去国立北京大学校长之职，自本日起，不再到校办事，特此声明。”他是为人权自由而辞职。蔡元培为了表示自己的不合作，在以告退的方式来表达抗议，同时并维护自己的人格自尊。用胡适的话来说，“不合作也是积极的”，所以，他一次又一次的辞职。
蔡元培的“辞职书”在今天被不少人认为是相当宝贵的思想资料。尤其著名的是他的《关于不合作宣言》和《不愿再任北京大学校长的宣言》。
“……我绝对不能再做不自由的大学校长：思想自由，是世界大学的通例。得意志帝政时代，是世界著名开明专制的国，他的大学何等自由。那美、法等国，更不必说了。北京大学，向来受旧思想的拘束，是很不自由的。我进去了，想稍稍开点风气，请了几个比较的有点新思想的人，提倡点新的学理，发布点新的印刷品，用世界的新思想来比较，用我的理想来批评，还算是半新的。在新的一方面偶有点儿沾沾自喜的，我还觉得好笑。哪知道旧的一方面，看了这点半新的，就算“洪水猛兽”一样了。又不能用正当的辩论法来干涉了，国务院来干涉了，甚而什么参议院也来干涉了，世界哪有这种不自由的大学么？还要我去充这种大学的校长么？”（《不愿再任北京大学校长的宣言》）
1940年，蔡元培在香港去世时，各方人士都给予他高度的评价，他是真正的学界泰斗。
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