教会神学争论弱化了修炼，并通过修道院及学校教授的哲学论证逐渐僵死。
基督教诲借着教会的组织力量和教父的宣传努力而广为传播，却也随着教父的争辩和教会谋权而削弱了“信、望、爱”的真心实意和无所偏重的修炼。奥里根的理论和讲演才华，遭当地主教的嫉妒和排挤。他谦卑博爱的品德得不到传扬，修信过激出现的自虐却被揪住到死，平和宽容的思想被当作异端邪说。德尔图良的斗士形象恐怕就跟教会不欣赏文雅和大度有关，被当作粗野而大人不记小人过的谅解纵容其因不修爱德，最终偏重修愿而与教会不相往来的独往独来。奥古斯丁成为罗马教会最为合脚的鞋，奥古斯丁主义从232部书上千万字里出来，除了爱思辨哲学和神学理论，以及关于爱的说教的高谈阔论，他还有多少真实修炼？
奥古斯丁主义将教会看作上帝之城，这可谓是对被教会器重的回报，却有违耶稣“我的国是天国”的教诲和训导，推动教会上层为地上权力越来越不修炼。迷在与世俗君王官员贵族争权夺利的滚滚红尘中，成为罗马乃至后来欧洲的另外一个主要的制造罪恶的来源。与皇帝争权的西罗马，被日耳曼部族毁灭。而没有这种争权的东罗马多存在了一千年。当东罗马皇帝兼大主教查士丁尼关闭讲学已达900年历史的柏拉图学园，把柏拉图的不肯皈依的女弟子杀死、剥皮、暴晒时，万万没想到他不修爱德造恶业、暴行传教而迫害异教徒的罪孽将招致闪族伊斯兰教“牧羊鞭”的猛烈抽打，失去西亚和北非大量教徒，终将招来土耳其人灭国。
基督（天主）教会的哲学成了论战的种子。我读过《圣经》很多次，能够体会到里面包含的真理和智慧是要一遍又一遍地在阅读中自己去领悟的，不是给人解读和辩论的。比如“创世纪”里“六日”开天辟地创造山水生态，这“六日”原本就不是地球上“6×24”的144小时，是喊“要有光”、“要有空气”、“要有光体”的众神所在的那个超光速的洪微时空里的6日。如果依照所谓“天上一日，地上千年”的说法，你去计算吧。你算清了，我不同意你的说法，还可以找到不同意你的理由。你折腾到老到死，我还是不同意你，你奈我何？！你这一高烧40度就胡乱说话的头脑，能想清楚你要修炼慧悟之后才能去的天界的事吗？如果想得清，你就不用信这神那神了。圣经里很多“神说”，那就是神的话。比如“善恶树上的果子你不可吃，因为你吃的日子必定死”，这句话不信的人，自然是拿自己理解的“死”去理解神所说的“死”，这不是人头不对神嘴吗？信者何须辩论！不同的文化层次、心神境界自然领悟不同，硬要辩论不德尔图良那般咄咄逼人，就得靠教会来裁定。所以说，教父和教会出现其实是用论著和会议决定把信众的心灵跟上帝和基督的教诲隔离开了。都是人交流，不辩论还是人吗？
因此，尽管教会裁定了教父们的“一神”、“三位一体”、“创世”、“原罪”、“救赎”、“天国报应”、“天启”等关于《圣经》真理和智慧的解说，争辩依然存在，先由明到暗，机会一来临再由暗到明。教父的教会论辩，就在奥古斯丁主义被教会绝对肯定之后隐藏为思想暗流，五百年以后争论又在安瑟伦、阿伯拉尔、托玛斯等经院哲学家之间展开，论辩场所这时候由教会移到下属修道院及学校。
安瑟伦，这位曾任英国坎特伯雷大主教的意大利人，左脚穿柏拉图主义的鞋，右脚穿奥古斯丁主义的鞋，明晰地跟人说：上帝不只是人嘴里说出来而实际上不存在的一个词，而实实在在就是“本来地和绝对地存在着”，永恒的一个存在。为此，他提出了关于上帝存在的本体论证明：至善的观念既在心中，也在现实中（大前提）；上帝这个词是人心中的至善的观念（小前提）；因此，上帝“既存在于心中，也存在于现实中”（结论）。无论谁说话，只要我不拿你当神，我就可以而且能够反驳你。因此就有不赞同安瑟伦的证明的人反驳：心中有座最美的岛，海中却未必有。可这只是不赞同而已，并没有驳倒安瑟伦的证明。因为海底和其他天体上还有无穷无尽的岛屿，我们又何以能够主观地独断这个岛屿不存在呢？
安瑟伦“观念在心中，也在现实中”的主张，哲学上叫唯实论。法国的罗瑟林及学生阿伯拉尔反驳正统教义，主张：存在的是个别事物，一般的共相并非独立和真实地存在而只是有意义的概念。这在哲学上叫唯名论。唯命论的道理，其实在1000多年前亚里士多德就讲过，可以使思维清晰，却并不能够真正驳倒由柏拉图的理念论支撑着的安瑟伦的唯实论的道理。阿伯拉尔批驳安瑟伦的唯实论是温和的，但批驳由奥古斯丁而安瑟伦的“信仰而后理解”，就针锋相对地提出“理解而后信仰”，主张由怀疑而去研究，由验证而得真理。这自然还是亚里士多德理性智慧的思路，包括他的灵修自救的主张。阿伯拉尔认为，人的罪是心灵中有恶才做出来的，只要修掉去除心中的恶，人就无罪而有德了。
阿伯拉尔是冲教会来的，其唯名论、怀疑论和自救论张扬的个性自由的思想，亚里士多德的思想体系都有却全部消融了它们。5岁起隐修了10年，没有被美人诱昏头而出了家的意大利修道士托马斯，敏锐地请出亚里士多德哲学代替奥古斯丁采用的柏拉图哲学，修正经院哲学的思辨路线，采用不限范围、不定题目的答辩会，硬给基督教哲学撞出了一条新路。这就是托马斯主义，主要内容有：
1、万物统一于上帝（神）。神存在无须证明，但人从神创造的事物中可推知：（1）万物的第一推动者和绝对的现实性是神；（2）万物的最初原因是神；（3）事物生灭的必然性，是神赐予的；（4）至真、至善、至美者是神；（5）宇宙万物目的的指导者是神。2、神创的宇宙是一个等级体系。神有目的创造不同等级的理念作为形式，与从虚无中创造的质料，构成由低级到高级的四元素（火、气、水、土）、植物、动物、人类、天使而构成的宇宙体系。3、有三种实在。存在于个别事物中的本质或形式，存在于人的理智中的概念，存在于神的理智中的理念。4、人是肉体和灵魂的统一体。肉体是质料，灵魂是形式；身体可死，灵魂不朽。5、两重世界导致两种认识和两种真理。人的理性认识感性的自然界，获得自然的知识和真理，即科学和哲学；人的信仰通过神的启示，获得超自然的知识和真理，即神学；科学和哲学的自然真理，可以与神学的启示真理协和一致，科学、哲学和神学是上、下级之间被服务和服务的关系。6、宇宙有三等认识能力。（1）所有生物都有的感觉；（2）人抽象物体的形式的理智（分有上帝的理智中的部分）；（3）天使通过非物体认识物体的理智。7、道德在于知上帝、爱上帝，中心在于爱上帝和爱邻居。8、君权和教权都来自神权，国王要服从教会。
以上所述经院哲学，奥古斯丁主义是古典的正统，托马斯主义是修正的改良。托马斯主义之后，经院哲学推崇亚里士多德的形而上学和形式逻辑，哲学家盛行形式主义的烦琐论证和辩证法论争400年，基督教会思想学说的生命渐趋僵死。
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