中草藥的命名有很多方法，首先以形狀命名，如：人參根外型似人，因而叫人參。（圖片來源：Adobe Stock）
中國人對命名向來視為神聖的事情，考究必詳，象數含蘊，寓有哲理，形象生動，還需有文化色彩。
中草藥的命名有很多方法，首先以形狀命名，如：人參根外型似人，因而叫人參；牛膝的莖節膨大似牛的膝蓋，因而名之；百合因其生長在地下的鱗莖重重疊疊，像百葉而合。
性狀不同而起名，如：向日葵因花盤傾向日光而得名；睡蓮因其花午開晚閉而名之；含羞草則因受刺激時，葉面會收縮起來。
顏色不同也有不同的名稱，如：紅花、紅棗、赤芍、赤石脂、丹參、丹皮、紫草、紫蘇、黃連、黃柏、白豆蔻、白芥子、黑芝麻、黑胡椒、烏梅、烏梢蛇、玄參、青皮、赭石、銀耳等。
不同的氣味給予不同的名稱，如：香薷、香櫞、藿香、茴香、丁香、檀香、沉香、臭梧桐、臭牡丹、魚腥草、雞屎籐、敗醬草、辛夷、辣蓼、酸模、酸橙、苦參、苦丁茶、甘草、甘松、甜杏仁、淡竹葉、淡竹茹、龍膽草、五味子等。
質地不同有不同的名稱，如：厚樸因皮厚又質地樸素得名；石蓮子因硬如石頭得名；海螵蛸與桑螵蛸的命名，據《本草綱目》記載：「螳螂子房名螵蛸者，其狀輕飄如綃也。」《日華子本草》記載：「螳螂卵簇聚之房曰螵蛸，烏賊骨形似之，因名海螵蛸。」
新鮮陳久，也入命名之列，如：夏日口乾，要喝鮮生地、鮮石斛、鮮茅根的汁液；咳嗽一定要用陳皮，用新鮮橘皮效果不好。
因生長季節命名，如：半夏因黃曆五月中旬，夏之半，生長最旺盛故名；而夏枯草因夏至後花絮枯焦而得名；六月雪因六月花開茂盛似白雪；冬青因葉經冬不凋；臘梅花因寒冬臘月開花。
因藥用部位而得名，如：板藍根、葛根、白茅根、桂枝、桑枝、鉤籐、桑白皮、牡丹皮、艾葉、荷葉、白果、芡實、訶子、火麻仁、益母草等。
性能功效不同有名之，如：升麻可升陽舉陷、發表透疹；番瀉葉可瀉下通便；骨碎補可療骨折；防風可發表散風。
因人名而命名，如：徐長卿可利水消腫，活血解毒，原名卻是一位古代名醫，他常用此藥救治病人，為紀念他而用此名；何首烏可補益精血，固腎烏鬚，本為古代人名，因祖孫三代長服此藥而延年益壽。
因避諱而得名，如：山藥原名薯蕷，因唐代宗名李豫，遂改名為薯藥，後宋英宗稱為趙曙，再改名為山藥；玄胡索改名為延胡索，也因避諱的緣故。
有些是譯音，如：訶子、畢撥、畢澄茄、阿魏、沒藥、密陀僧等，其中有許多充滿釋教文化的意涵。
因產地而得名，如：四川的川芎、川烏、川貝；產於東北的關木通、關鹿茸、關白附、遼細辛、遼人參；產於浙江的浙貝母、杭菊、杭白芍、溫鬱金、於白朮（浙江省於潛縣）；產於兩廣的廣佛手、廣木香、廣藿香；產於山東的東阿膠、東白薇、東山楂；產於福建的建澤瀉、建神麴、建蓮子、建君子（使君子）；產於河南的懷地黃與懷山藥、懷菊花、懷牛膝，並稱為四大懷藥；其他如：雲當歸、南沙參、北五味子、滁菊花、宣木瓜、潞黨參、高麗參、西洋參等。
