1998年，楊尚昆因一次感冒死在軍隊總醫院。民間盛傳，是被江澤民害死的。此前港媒曾披露，楊尚昆之子楊紹明九十年代被江澤民迫害成精神病，不得不住院治療。趙紫陽在晚年時曾對杜導正透露，楊尚昆由於揣摩錯了鄧小平的意思，因此受到江澤民的報復。
1998秋，楊尚昆得了感冒，住進了完全被江澤民和曾慶紅控制的解放軍總醫院。楊尚昆住院不長時間，98年9月14日凌晨1時17分，在醫院突然去世。俗話說，要想人不知，除非己莫為。楊尚昆去世不久，民間盛傳，楊是被害死的。後來楊的家人要求中央調查楊尚昆的死因。
2004年2月24日，因披露薩斯疫情而聞名的北京退休軍醫蔣彥永將一封要求平反「六四」的公開信，寄給中共中央、全國人大、國務院及全國政協的領導人。蔣彥永在信中寫道，楊尚昆1998年親口說，六四事件是中共歷史上犯下的最嚴重的錯誤，但將來是一定會得到糾正的。
隨後，中共下發文件，主要引用楊尚昆之子楊紹明否認其父楊尚昆與蔣彥永講有關六四鎮壓的那番話。
港媒《開放》雜誌2004年6月份透露，凡是有常識的人都不會相信楊紹明所講是真的，因為楊尚昆之子楊紹明當時並不在場，更何況楊紹明九十年代被江澤民迫害成精神病，不得不住院治療。高層幾乎盡人皆知。最近楊紹明精神雖然恢復健康，不需住院治療。但是又為住房困擾，苦悶要命，總參管理局好幾年前就要求楊紹明從楊尚昆舊居搬出來，這件事很可能要逼得楊紹明再度住進精神病院。如果楊紹明真講了他根本不知道的事情，那明顯是進行了政治交易。
公開資料顯示，楊尚昆之子楊紹明，1942年5月生，1966年畢業於北京大學歷史系，曾任新華社攝影記者。歷任中國人民對外友好協會理事、中國國際友誼促進會副會長，中華慈善總會名譽副會長等，現任宋慶齡基金會副主席。
羅宇：楊尚昆死後其子就瘋了
去年3月10日，美國之音刊登對旅居美國的中共開國大將羅瑞卿之子羅宇的專題採訪。專訪中，美國之音記者提問：楊尚昆在六四問題上的態度外界傳說很不一致，有的說他反對用強硬手段處理學潮，有的說他先反對後贊成，有的說他生前認識到六四是中共犯下的最嚴重錯誤，暗含著要平反的意思。當然這個消息是北京301醫院軍醫蔣彥永透露出來的。你是怎麼解讀的？
羅宇回應稱：楊尚昆老謀深算，我在聽到這消息時我就立刻覺得楊尚昆是在考慮死了之後的事。楊尚昆的兒子跟我很熟，楊小二（楊紹明）在楊尚昆死後就瘋了，經常進精神病醫院。他為什麼瘋呢？楊尚昆為什麼跟蔣彥永說這個話呢，就說明楊尚昆也認為六四這件事早晚要平反。……那麼他為什麼要跟蔣彥永說這個話？他為什麼不跟他兒子說這個話呢？他為什麼不錄下一個音來呢？這個楊尚昆都考慮過的。
趙紫陽透露：楊失算江報復
曾任《炎黃春秋》雜誌社社長杜導正，在趙紫陽任中共總書記時，任國家新聞出版總署署長。2010年1月17日，杜導正所著《趙紫陽還說過什麼？——杜導正日記》在港臺出版。書中作者披露了與趙紫陽三十多次私密談話內容，其中有涉及楊尚昆、楊白冰兄弟失勢內幕。
趙紫陽對「二楊」的問題稱，鄧小平南巡講話及6月兩次去首鋼講話，都說明鄧對江澤民（時任中共總書記）、李鵬體制很不滿。給人印象：鄧要解決江、李體制。江、李那個時期惶惶不可終日，許多工作也停下不做了。
此時，楊尚昆、萬里誤以為鄧（小平）下了換江（澤民）、李（鵬）的決心，便做出以楊尚昆為首組成中共中央顧問小組的決定，以代替鄧過世後做「最高權威」。
「十四大」前，鄧權衡諸多利弊因素最後下決心時，先傾向撤換江、李的主張改為江、李不動。
趙紫陽說，鄧那時看來主要考慮兩個大問題：一是他身後，改革開放能否繼續，否則，會有人起來批判他，將他定為罪人；二是他身後是否有人會提出「六四」問題，而鄧想得多的是「六四」問題。「六四」問題非同小可，中國的官員、知識份子絕不會淡忘，鄧內心知道這個問題的份量。在「六四」問題上，李鵬不用說了，江在上海也是有賬的，《世界經濟導報》事件便是江搞的。鄧以為，維持江、李體制，在鄧身後，「六四」問題大家不能提出。
趙紫陽表示，既然做了這種估計，尚昆自然失算了。尚昆與江分歧由來已久，此次當然要下臺了。當然，尚昆如過去對江尊重些，不至於處境如此悲慘。
據《江澤民其人》披露，97年2月鄧小平去世後，92歲的楊尚昆身體並無大礙。他對江澤民在軍隊中亂提拔將軍、收買人心、打擊異己一直不滿，時常在老幹部聚會上數落、指責江澤民。
阿波羅網白梅報導
