中國國務院事故調查組星期四公布了溫州「和諧號」動車追撞事故有嚴重缺陷後，有報導指，不知道除了已知故障外，是否還存在其它設計紕漏。另有媒體稱，全國18條主要幹線及兩百多個鐵路車站，安裝了存在缺陷的信號設備。換言之，列車仍然倚賴「缺陷信號設備」行駛。
遇難家屬們不滿鐵道部處理方式。（新浪微博）
7月26日，一位生還者講述，後面16個人都變成肉醬。（京華新視覺）
「和諧號」動車相撞事故調查組星期四公布了原因，包括信號設備存在缺陷與人員培訓不善。據《華商報》星期五報導，2009年9月28日，肇事的CTCS系統投入使用，在京滬、京廣、廣深、京九等18條主要幹線上開行了時速達200公里、部分區段時速達250公里的動車組列車。全國共有成都北站、貴陽南站、武漢北站、溫州南站等200餘個車站安裝了這一系統。2008年，該系統曾獲得「中國鐵道學會科學技術獎2008年一等獎」。
香港各大媒體星期五對當局的這一做法，發出強烈質疑。香港《明報》當天發表評論說，信號缺陷未修補、未確定信號系統是否還有其它紕漏之前，列車仍然倚賴「缺陷信號設備」行駛，情況與「安全第一」大相逕庭，不能接受。當局若以人民性命安全為首要考慮，應該限令有關信號設備未經獨立審查、證明安全無虞之前，實時停用，使人民免於風險威脅，這才是負責任的做法。
對於《南方週末》引述鐵道系統內部核心人士說，由於有關信號設備缺陷，不確定除了已知故障外，是否還存在其它設計紕漏。評論稱，今次事故所暴露已知和未知問題，中國鐵路怎樣向國人和世人宣示「我們是安全的，請放心乘搭」。我們建議：首要從誠實、特別是對自己誠實開始。
關注事故的北京學者張博樹認為，鐵路部門的解釋仍然無法令人信服：「開始說是雷擊造成故障，後來又解釋為信號系統有問題，這些解釋是不是足夠充分？我看很多網友都不滿意。出了問題的這個信號故障系統，在很多的其它場合還在用。這當然本身就更是個問題，按理說出現了這麼大的事故，凡是相關的，同類的這種產品都應該馬上停止使用。」
有網民在微博直言，當局明知系統有風險，出事的甬溫線動車組為何沒停駛接受全面檢查？繼續開行是否「草菅人命」？也有網民稱，政府以前不知訊號系統有問題，現在明知有缺陷，為何繼續運行，對百姓生命負責嗎？
對香港建高鐵持反對意見的潘嘉偉星期五接受本臺採訪時批評當局：「本身管理系統做的差，所以才會發生那麼嚴重的交通意外。現在他們非常的自大，顯示他們好像真的有錢了，所以他們跟發達的國家比較，人家有，我們現在都有了，所以我覺得非常需要反省。每天在微博上面很多人就是在罵政府，究竟他們有沒有看微博上面的聲音！我希望中國政府要看清楚究竟什麼是人民的聲音。」
香港《太陽報》評論說：每一次慘不忍睹的人禍之後，當局都是聲稱公開透明的調查，深刻反思總結。但往往言猶在耳，悲劇又接踵而至。從起因到發生，到發展，到善後，都是完全程式化的、老套的結構，彷彿一個模子倒出來，彷彿都出自一個創造力、想像力早已經枯竭的編導之手。
北京學者劉軍寧認為：「我想在中國根本的問題還是政績與人的生命的關係問題，哪個更重要的問題。那些信號、停電、調度這些都是具體的表現。到底是人的生命更重要還是政績，還是政績跟政府的面子更重要。政績更重要其實在中國是需要追究的，需要分析的。因為鐵道部是為政績成立的，不是為民生服務的。」
對於調查組表示，9月中旬公布調查結果，但他並不樂觀。他說：「最後怎麼處理還要等著看，我覺得現在還為時過早，但是我覺得不會有太大的意外發生。」
