三峽工程還在圖紙作業時已存在嚴重問題，建成後問題更多，趙紫陽、李鵬、朱鎔基、溫家寶四任總理，惟獨李鵬對三峽工程情有獨鍾，其他三位都興趣缺缺。三峽工程建成二十年，似乎成了李鵬的家族生意，李家千金李小琳在兩會放言：能源涉及國家命脈，必須掌握在靠得住的人手裡，這關乎國家安全云云。
問題是三峽大壩讓國家越來越不安全，要當局承認這點很難，但大壩從開工到建成時隔二十年後，國務院終於承認：三峽工程存在三十一項缺陷。且慢給溫家寶唱讚歌，實系三峽弊端再也掩蓋不住，民族「母親河」長江整個流域生態被改變，三峽○三年成庫蓄水僅三個月，川鄂多口被廢棄的古鹽井爆發天然氣井噴；同年底庫區發生地震；三天後巴東發生舉國震驚的天然氣井噴，毒死二百四十四人；監測結果顯示，水庫蓄水後整個三峽地區微震活動明顯增加；接著是川東百年不遇的大旱，酷熱天氣創記錄，達攝氏四十五度，守住長江黃金水道的重慶地區八百萬人飲水困難；去年西南五省又大旱；今年水庫下游的千湖之省湖北一千四百個水庫乾涸，洞庭湖和鄱陽湖萎縮為水塘……
細節不去詳舉，因為總有御用專家出來辯解，指為氣候反常，與三峽水庫無關。但三峽上馬時宣稱一勞永逸解決長江流域的洪澇和乾旱；萬噸輪船可直達重慶；三峽庫區就像大空調機，可調節四川盆地氣候，冬暖夏涼……這些牛皮一一吹破。三峽工程只有發電這一項基本達標，它的副產品是藻類大爆發，漂浮垃圾堆積成島嶼以及庫區地質層越來越令人不安的裂紋。
這些弊端幾乎都在科學家黃萬里的預見之中，但大壩木已成舟，要拆掉誠屬不能，因為有一座更高的巨壩橫亙在中國江河大地之上，那就是黨意志和它擁有的無限權力。三峽工程科學論證自八十年代中期開始，專家學者分成十四個專項小組，結果三分之一的小組未予通過，這在民主制度下根本不可能上馬。但這些反對者大多是民主黨派成員，主要來自民盟和九三學社。趙紫陽本人對三峽不甚支持，卻不敢對鄧小平諍言直諫，只說「民主黨派的專家學者多數不同意」。本來此事並非不可商量或者延長論證時間，孰料趙紫陽的轉達正觸犯了鄧小平的逆鱗，他擲下一句：「這樣的話更要上馬！」
最後遞交的論證報告仍有九名專家拒絕簽字，在全國人大投票時，有六百多名代表投下反對票，迄今仍保持人大議案反對票最多的記錄。及至李鵬轉任人大委員長，朱鎔基接任總理，他對三峽工程的消極無人不知；本朝核心胡錦濤是學水電的，溫家寶是學地質的，他們對三峽水庫興趣索然，雙雙缺席三峽工程的慶典。但全世界最高三峽大壩巍然聳立，如同巨型腫瘤阻塞著中華民族的血脈，而它的病根正是權力決策和專制制度。
