毛澤東支持紅衛兵高舉「造反有理」的大旗，大破「四舊」（舊思想、舊文化、舊風俗、舊習慣）。一時間，紅色恐怖籠罩全國。打、砸、抄、殺，成了「革命行動」。據《中國「左」禍》記載，無數的古文物被當作「四舊」毀壞，河南洛陽龍門石窟佛像的頭被砍掉，北京頤和園佛香閣的釋迦牟尼塑像也被砸碎了！外國修女被趕走，清真寺被封閉，古蘭經被燒燬。北京1958年第一次文物普查中保存下來的6843處文物古蹟中，1966年八九月間就被毀掉4922處。在紅衛兵眼裡，那些「封資修」代表人物就是活著的「四舊」。抄家，打罵凌辱，掃地出門，成了家常便飯。6月18日上午，北大生物、化學、中文等系的部分學生將40多個幹部、教師抹黑臉、戴高帽、罰跪、扭打，校工作組奔赴現場加以制止。
6月20日，在北京主持工作的劉少奇以中央名義轉發了北大關於「六一八」事件的簡報，並加上按語：「中央認為，北大工作組處理亂鬥現象的辦法，是正確的、及時的……」毛澤東在武漢聽說後，立即作了批示：「六一八」事件不是反革命事件而是革命事件。毛澤東否定劉少奇的意見的批示發出後，全國掀起了一股反對各級黨委、殘酷迫害各級幹部，大搞打、砸、搶的浪潮。（引自《晚年毛澤東》）。年近八旬的書法家瀋尹默六十多年珍藏的古今作品、古帖古書，全被燒燬。老畫家劉海粟的家被抄24次，所有字畫全部抄光。據不完全統計，僅北京市，在破「四舊」中，死在紅衛兵手下的有一千多人。
7月28日，江青在一次會上說：「我們不提倡打人，但打人也沒有什麽了不起嘛！」「好人打壞人，活該，壞人打好人，好人光榮，好人打好人，是誤會，不打不相識。」8月下旬，公安部長謝富治對其下屬說：「過去規定的東西，不管是國家的，還是公安機關的，不要受約束。」「群眾打死人，我不贊成，但群眾對壞人恨之入骨，我們勸阻不住，就不要勉強。」「民警要站在紅衛兵一邊……把五類分子的情況介紹給他們。」8月26日，北京大新縣公安系統傳達了謝部長的指示，民警聞風而動。不但給紅衛兵提供「四類分子」的情況，還以「四類分子」的「不法行為」激勵紅衛兵對他們的仇恨。
從8月27日起，紅衛兵在公安民警的配合下，對「四類分子」大開殺戒。僅僅三天，這個縣13個公社、48個大隊，被殺害的「四類分子」及其親屬有325人，被滿門抄斬的有22戶，其中年齡最大的80歲，最小的才出生38天。他們進而將其認定的所謂「黑七類」、「狗崽子」、「混蛋」的青年學生押進「勞教所」，施以「上吊試驗」「火燒頭髮」「刀剁屁股」「開水洗澡」「打靶」「突刺」「掃堂腿」等慘絕人寰的酷刑。在「紅色恐怖萬歲！」的口號中有的被打死、燒死、勒死，有的被整成終生殘疾。他們不但「革」活人的「命」，死人的「命」也「革」。北京定陵萬曆帝后的屍骨在「打倒保皇派」的口號聲中被砸碎焚燒。山東武訓墓被砸，開會審判其屍體後再將其焚燬。海南海瑞墓被砸爛，連看墓老人也被整死！《聊齋誌異》的作者蒲松齡也遭劫，紅衛兵砸碑掘墳，將其頭蓋骨拋露荒野，還從蒲氏後代家中搜出他所珍藏的書籍、字畫、手稿，付之一炬！已故科學家朱洗生前曾反對消滅麻雀，也被砸碑掘墳、曝其屍骨！
我國「破四舊」的「紅色恐怖」使太平洋彼岸的聯合國都震驚了。8月1日，毛澤東卻給清華附中的紅衛兵寫信說，你們的行動「說明對反動派造反有理。我向你們表示熱烈的支持。」「我和我的革命戰友都是採取同樣態度的。不論在北京，在全國，在文化革命中，凡是同你們採取同樣革命態度的人們，我們一律給予熱烈的支持。」在接見紅衛兵的大會上，他穿上軍裝套著「紅衛兵」的袖章站在天安門樓上，向全世界表示他就是「紅司令」。在紅衛兵暴行節節上升之時，9月15日，毛澤東第三次接見紅衛兵，林彪站在毛澤東身旁宣布：「紅衛兵戰士們……你們鬥爭的大方向，始終是正確的。毛主席和黨中央支持你們！」「你們在大破‘四舊’、大立‘四新’的戰鬥中取得了光輝的成果……你們做得對，做得好！」誰都明白，這是一場有人領導、有人安排、有人支持、有人捧場的暴力行動。
但這才僅僅是開始。根據毛澤東的部署，這次運動的重點，是整「走資派」。據斯諾說，早在1965年1月25日，毛澤東就已下決心：劉少奇必須下臺。陳顯明寫的《晚年毛澤東》也有同樣的記述。1964年底到1965年初，在中共中央政治局會議上，毛澤東和劉少奇在「四清」（開始在農村開展的「清工分、清帳目、清倉庫、清財物」，叫「小四清」，後來在城鄉開展的「清思想、清政治、清組織、清經濟」，叫「大四清」，又稱「社教」——筆者）問題上發生了嚴重的意見分歧。毛澤東把劉少奇看作中國最大的「走資派」，睡在身邊的赫魯曉夫，下決心搬掉劉少奇。陳顯明說，這場鬥爭是經過了長時間的醞釀後爆發的。黨的八屆十中全會後，劉少奇也積極抓階級鬥爭，認為「三分之一的社隊領導權不在我們手裡」，組織了數百萬幹部到基層抓「四清」運動，並創造了「四清」運動的經驗——即所謂「形左實右」的「桃源經驗」：人人「洗澡」，個個「下樓」。——據我縣黨史記載，1964年11月縣委集中部分縣、區、公社幹部到縣城參加第一期「社教三干會」，到會1458人，大部分都受到批判鬥爭，127人被排為三四類，其中72人分別受到管制、勞教或黨紀政紀處分。康樂公社的「四清」運動所取得的「成績」更為「顯著」：6人被判徒刑，13人被判管制，94人被戴上「反革命」帽子，40名黨員和83名基層幹部分別受到黨紀政紀處分。——但他沒像林彪那樣所謂突出政治，突出毛澤東思想，突出毛澤東著作。這次會議討論「四清」運動的性質問題時，劉少奇認為是「四清」和「四不清」的矛盾，既在黨內，也在黨外，既有敵我矛盾，又有人民內部矛盾，並且是相互交叉著。毛澤東在會上作了講話，明確指出，這次運動的性質是解決社會主義與資本主義的矛盾，重點是整那些黨內走資本主義道路的當權派。他在講話中批評了劉少奇的提法，還批評北京有兩個獨立王國，顯然是指劉鄧主持的中央書記處和李富春等主持的國家計委。這等於告訴全黨，在中央也有走資本主義道路的代表人物。劉少奇雖多次作了自我批評和檢討，但都沒有爭取到毛主席的諒解。後來，毛澤東對別人說，他在「四清」時已下決心要打倒劉少奇。1966年8月5日毛澤東寫的《炮打司令部——我的一張大字報》，也提到了1964年那場鬥爭，再次證實了斯諾的說法。
文聿在《中國「左」禍》中說，《五一六通知》下發後，文革的烈火很快就燃燒起來，特別是聶元梓的大字報見報後，風潮來勢洶洶。劉、鄧飛往杭州，請毛澤東回京主持大局。毛澤東手一揮：「我暫不回京，由你們相機處理吧。」劉、鄧急忙趕回北京，召集政治局常委擴大會議，進行緊張討論，最後決定，根據歷次群眾性政治運動的做法，向各基層單位派駐工作組，指導文化大革命，恢復正常秩序。決定傳給毛澤東，毛澤東回覆表示同意。應該說，劉少奇一直是盡量揣摩毛澤東的意圖、按傳統的方式在北京主持工作的。但是，7月18日毛澤東突然回京，向劉少奇指出：「派工作組是錯誤的。」「運動犯了方向路線錯誤。」毛澤東利用陳伯達、江青等中央文革小組的人在學生中頻頻活動，以便在工作組問題上製造群眾與劉少奇更嚴重的對立。8月1日，毛澤東親自主持召開了八屆十一次中央全會。在4日的會議上，毛很氣憤地說：「牛鬼蛇神，在座的就有！」第二天，在中南海大院出現了毛澤東的大字報：《炮打司令部——我的一張大字報》，8月8日，中央全會接受了毛澤東的主張，通過了「關於無產階級文化大革命的決定」（即「十六條」）。「十六條」規定：「在當前，我們的目的是鬥垮走資本主義道路的當權派，批判資產階級反動學術‘權威’，批判資產階級和一切剝削階級的意識形態。」「運動的重點，是整黨內那些走資本主義道路的當權派。」毛澤東走到前臺，指揮造反派把矛頭直指「劉、鄧司令部」。
毛澤東要利用個人崇拜打倒劉少奇，選擇了「萬歲不離口，語錄不離手」的林彪作助手。未經全會選舉，原來的幾個副主席在媒體上再沒提及，林彪卻被宣布為唯一的副主席了。林彪也不負所望。1966年，在一片「打倒劉、鄧、陶」的呼喊聲中結束了。1967年元旦清晨，劉少奇住的院子裡就出現了「打倒中國的赫魯曉夫劉少奇！」「誰反對毛澤東思想絕沒有好下場！」等大幅標語。1月6日傍晚，在江青一夥的策劃下，劉少奇和王光美被誘出中南海，王光美被帶到清華園批鬥。13日深夜，毛澤東又假惺惺地派秘書接劉少奇到人民大會堂談話，給以安撫。臨別，毛還親自把劉送到門口，客氣地說：「好好學習，保重身體。」事過兩個月毛澤東就在黨的中央工作會議上宣布：劉少奇是「黨內最大的走資本主義道路的當權派」，劉少奇的《論共產黨員的修養》是欺人之作，是唯心論，是反馬列主義的，是講的孔孟之道。於是，在全國掀起了批鬥劉、鄧的惡浪。
8月5日，是毛澤東《炮打司令部》張貼一週年，《人民日報》登載了這張大字報的全文，併發表了《炮打司令部》的社論，號召「全國無產階級革命派動員起來，集中火力，集中目標，進一步深入地、廣泛地從政治上、思想上、理論上，對黨內最大的一小撮走資本主義道路的當權派開展革命的大批判。」劉、鄧、陶被關押起來，受盡了折磨。劉少奇舉著憲法抗議，還抱著幻想給毛澤東寫信：「我已失去自由。」毛澤東又是怎樣回應的呢？十月下旬，毛澤東主持擴大的八屆十二中全會，宣布劉少奇是一個埋藏在黨內的叛徒、內奸、工賊，是罪惡纍纍的帝國主義、現代修正主義和國民黨反動派的走狗，將劉少奇永遠開除出黨。對這一決定，只有中央委員陳少敏舉手反對。在整彭德懷時緊跟毛澤東的劉少奇，何曾想到：時隔幾年厄運就落到自己頭上了！1962年劉少奇在「七千人大會」上的報告還在強調：「廬山會議之所以要開展反對彭德懷反黨集團的鬥爭，是由於長期以來彭德懷在黨內有一個小集團。他參加了高崗、饒漱石反黨集團。在反對高饒集團的時候，沒有把他提出來，他是高饒集團的餘孽，是這個集團的主要成員，所以毛主席在廬山會議上說，到底是高饒聯盟呢，還是彭高聯盟呢？恐怕應該是彭高聯盟，更主要的不是高崗利用彭德懷，而是彭德懷利用高崗。」（引自《晚年毛澤東》）。此時的劉少奇總該明白「欲加之罪，何患無辭」的內涵了吧？
1969年10月，林彪一夥又以戰備疏散為名，要把病情危重的劉少奇趕出北京。林彪書面報告毛澤東，毛聽後當即指示：燒掉。這一細節足可看出毛比林更老辣。他不能讓後人從檔案中查到他迫害一個只靠鼻飼維持性命的老人的片言只語。不過，毛澤東比林彪還是多一點人性。黨的「九大」開後不久，林彪向毛澤東報告：判處劉少奇的遺孀王光美死刑立即執行。毛澤東批示：「刀下留人，要留活證據」。王光美能有今天，不能不感謝毛澤東的大慈大悲。鄧小平被送進了遠離北京的一個工廠軟禁起來。在林彪、江青一夥的操縱下，社會上掀起了打倒「大土匪」「大軍閥」「三反分子」賀龍的波濤。毛澤東雖一邊安慰他：「你不要緊張，我對你是瞭解的。」但年已73歲又身患重病的賀龍被整得死去活來，毛卻沒有為他說一句活。賀龍那顆當年敵人出價10萬大洋的頭顱再也不值錢了，在1969年6月9日就被化為灰燼了。
彭德懷這隻「死老虎」被毛澤東重新提起：「嘉靖皇帝罷了海瑞的官，1959年我們罷了彭德懷的官。彭德懷也是海瑞。」「高崗、饒漱石、彭德懷，是搞兩面手法，彭德懷與他們勾結了」，「彭德懷發動的‘百團大戰’是搞獨立王國」。最高統帥發了話，自然就會有雷厲風行的行動。76歲的彭德懷被折磨死了！羅瑞卿從長征任保衛局長到解放後當公安部長，幾十年來，都親自負責毛澤東的安全保衛工作。為了毛澤東的安全，年近五旬的羅瑞卿還刻苦學會游泳。該算得上忠心耿耿了吧？毛澤東卻在一份有關羅的報告上批示：「那些不相信突出政治，對於突出政治陽奉陰違，而自己另外散佈一套折衷主義（即機會主義）的人們，大家應有所警惕。」林彪主持的一次會議遵照毛的批示，狠揭狠批羅的所謂「反黨篡軍的罪行」。羅瑞卿被整殘了！1966年8月，72歲的傅連璋被整得路都走不動了，自己還弄不清楚是怎麽一回事。他寫信向毛澤東求救：1934年我救過你的命，希望你現在也能救我一命。結果還是被整死了！
被整死整殘的幹部無法盡數。《中國「左」禍》中有一組統計數字，194名黨的八屆中委和候補中委中，除有病和死亡的31名外，有96名被加上「叛徒」「特務」「裡通外國分子」等罪名受到迫害，佔中委總數的58.9%（另據《文革史》記載，八屆中委、候補中委193名，受迫害的佔65%；中共八屆監察委員會，60名委員、候補委員中，受迫害的佔62%；全國人大常委會115名常委會委員，受迫害的佔52%以上；全國政協159名政協委員中受迫害的佔46%以上），中央、國家機關和地方副部（省）級以上幹部被立案審查者達75%，他們遭到殘酷鬥爭，無情打擊，長期監禁。湖南長沙的造反派喊出的口號是：「炮轟九級（從劉、鄧到生產隊長）司令部！」被整死和被逼自殺的不計其數（據戴煌說，國家幹部被立案審查的佔總數的17.5%，沒被立案審查的也難免要挨批鬥，「火燒」，幾乎無一倖免）。所謂「內人黨」一案受誣陷者就達346000多人，其中16222人被迫害致死。所謂冀東「叛徒黨」一案，受迫害的達84000多人，其中2955人被整死，763人致殘。所謂「六十一人叛徒集團」一案，又衍生出31件「叛徒集團」案，涉案人數達數十萬，大批幹部被投入監獄。那時，此類「集團」案要多少有多少。當然，對「階級敵人」都是絕不施半點仁慈的。公安部長謝富治緊跟毛主席的戰略部署，喊出了「徹底砸爛公檢法」的口號。
全國各地立即掀起狂潮。據不完全統計，各級公檢法干警遭受打擊迫害者達34400多人，其中被迫害致死者1100多人，被打傷致殘者3600多人。以維護正常法律秩序為天職的公檢法，居然被不正常的無序狀態所吞沒！各級政權癱瘓，毛澤東下令軍隊「支左」，1967年3月，數百萬軍人一夜之間取代了被打倒的幹部。1969年中共九大後，軍隊將領幾乎佔政治局席位三分之二。由於中央文革王力等人提出了「揪軍內一小撮」，文革中執掌大權的軍人也有8萬多人受到迫害，其中1169人被迫害致死。
