清嘉慶十三年(1808)十一月初八早上，受命到江蘇省山陽縣督查救災款發放情況的官員李毓昌被發現懸掛在屋樑上，其僕人李祥等急忙向山陽縣令王伸漢報案，王伸漢隨即親自去淮安知府衙門向知府王轂報告，王轂帶領仵作(類似法醫)等前去查驗，得出結論：李毓昌系自殺。隨後，知府打報告給省裡，按察使(代理)胡克家、布政使楊護都同意了這個結論，之後江蘇巡撫汪日章、兩江總督鐵保也都同意以自殺向中央報告。這樣，李毓昌自殺身亡就成為了一個官方結論。
然而，李毓昌自殺疑點頗多。用第二年嘉慶皇帝看到李毓昌家人到北京向都察院(類似現在最高檢察院)提起「京控」的報告時的第一感覺來說，「李毓昌在縣署赴席，何以於回寓後遽爾輕生，當夜自縊，其事已不近情」，所以「其中疑竇甚多，必有冤抑」。嘉慶身在紫禁城，僅憑一份報告就能看出「其事已不近情」，何以江蘇各級官員--從知縣、知府，到巡撫、總督，竟一個人都沒有發現其中有問題？這顯然也很不「近情」。
實際上，據兩江總督鐵保呈遞給嘉慶皇帝的奏折說，他接到王轂稟報李毓昌自殺的時候也曾經有過疑問，「疑及李毓昌查賑事竣，何以忽至投繯？欲提伊家人嚴切查辦」，不過王轂等稟報說李毓昌的家人李祥等人已經離開山陽縣，所以沒有「關查到案，詳究根由」，而是「草率完結」，潦草結案了。
由此可知，從情理推論，李毓昌自殺是很讓人起疑的，精明的嘉慶皇帝一眼就能看出疑竇，昏聵的兩江總督鐵保也能感覺到事有可疑，所以這件事並不需要嚴密的邏輯，而只需要常識就能看出其中存有問題。
李毓昌自殺的不合情理之處，還可以從李毓昌的個人情況看出來。李毓昌是當年的新科進士，五月份被皇帝接見後，隨即「著交吏部簽掣分發各省以知縣即用」--即人事關係轉到吏部(類似中央組織部)，根據抽籤結果，分派到各省，只要有知縣的空缺出來即可優先獲得任命。李毓昌的運氣也比較好，他抽到了到江蘇(清代稱江南省)任職的簽。江蘇在明清兩代是富庶繁華、人文薈萃之地，是當官的最好去處。明代官場有個說法：「命運低，得‘三西’」。「三西」指山西、廣西、江西，這三個地方比較窮，油水少，所以當官去這三個地方被認為是「命運低」。而被選派到江蘇，則無疑是「命運高」。想一想，中國古代讀書人以「洞房花燭夜，金榜題名時」為人生兩大最為快樂之時，李毓昌在37歲時中了進士，正是人生得意之時，而抽籤又抽到去江蘇當官，而且有空缺出來即可獲得職位，仕途順利，正是意氣風發、躊躇滿志之際，他為什麼會自殺？從情理推論，沒有任何有說服力的理由。李毓昌到江蘇後，適逢黃淮水災，江蘇北部的淮安一帶被水淹沒，災情嚴重，朝廷發下幾十萬兩銀子的賑災款，為了保證賑災款的正常發放，兩江總督鐵保選派了一個11人督查組趕赴災區，李毓昌是督查組成員之一，剛到江蘇就被委以重任，正是一展抱負之時，更沒有理由要自殺。
既然李毓昌自殺有這麼多明顯的疑點，在情理上很難說得通，那麼為什麼主持辦理此案的一線官員--山陽縣令王伸漢和淮安知府王轂就看不出來？為什麼不仔細核查？實際上，李毓昌之死是個驚天奇案，李毓昌並不是自殺，而是「被自殺」，作案者不是別人，正是山陽縣令王伸漢。
原來，李毓昌到了山陽縣(該縣為淮安府首縣，與知府同城辦公)，掌握了王伸漢捏造戶名、冒領災款的證據，已經寫成報告，準備呈遞上級。王伸漢知道後，生怕事情暴露，派家人包祥與李毓昌的僕人李祥勾通(兩人原來認識)，準備賄以重金，被李毓昌嚴詞拒斥。後來又許李祥以好處，讓他把李毓昌的報告偷出來銷毀，但李毓昌防範甚嚴，無從下手。王伸漢不能得手，遂邀李毓昌到縣衙喝酒，將之灌醉。李毓昌回到住處後口渴要茶喝，僕人李祥在茶裡放了砒霜，李毓昌喝下後腹痛吐血，李祥又怕其不死，與李毓昌的其它兩個僕人一起將李毓昌勒死，將之懸掛到屋樑上，偽造自縊身亡現場，第二天清晨裝腔作勢地去向王伸漢報案。
王伸漢接到報案後，確認李毓昌已死，馬上趕到知府衙門向王轂稟報，並說了謀殺的實情，「求其保全，不敢忘恩」。隨後王轂前往驗屍，「任聽仵作喝報」，作出「自殺」結論，草率了結該案。
李毓昌家人接到死訊後，從山東即墨趕到江蘇運回屍體，王伸漢向李毓昌叔父李泰清贈送150兩銀子，並告訴他回去後盡早安葬--「歸宜即營葬」，顯然是想出點錢安慰死者親屬，讓其盡早安葬了事。因江蘇官方已經作出「自殺」的結論，李泰清雖對李毓昌自殺抱有很大懷疑，但無法追查真正死因。
李毓昌屍體運回老家後，妻子林氏檢查其遺物，發現一本書中夾有一張紙片，上面寫著「山陽冒賑，以利啖毓昌，毓昌不敢受，恐上負天子」，是沒有被李祥等人發現的報告殘稿(成稿的報告已被搜走)；另外還發現衣服袖口有血跡，並且有毒，如果是上吊自殺，當然不可能拿衣袖去擦拭，也是不可能有毒的。所以，李毓昌家人懷疑其被毒害，開棺檢驗屍體證實確有中毒跡象。
於是李毓昌家人赴北京都察院鳴冤告狀，嘉慶皇帝接到報告後大為震怒，讓山東巡撫吉綸主持驗屍，也得到確鑿證據，之後將王伸漢、李祥等涉案人員押赴北京會審，各犯對合謀殺人事實供認不諱。據王伸漢供訴，發給山陽縣的九萬多兩銀子的賑災款中，被其冒領的有二萬三千餘兩，其中一萬兩送給了王轂、督查組其它人員等，歸其自己的是一萬三千餘兩。
關於李毓昌「被自殺」一案，嘉慶皇帝在上諭中說了一段非常到位的話：「試思職官身死不明，顯有疑竇，該地方官尚相率朦混，不為究辦；若無告窮民，銜冤負屈，又豈肯盡心推鞫，為之伸理？其草菅人命之事，不知凡幾矣！外省官官相護，系向來陋習，今官員內有相殘之事，不加究詰，可見相護者乃狼狽為奸耳。正直之員，邪佞豈肯庇護，惟有傾陷矣。」
的確，如果地方官員連李毓昌這樣的辦案官員「被自殺」都「相率朦混，不為究辦」，那麼「無告窮民」「被自殺」又有誰「為之伸理」？官員對同僚都敢玩「被自殺」，又如何不敢以「被自殺」對待「無告窮民」？官官相護，狼狽為奸，此種官場生態如果不能改變，正義何由得伸？「被自殺」的現象又如何禁絕？
