據《南方都市報》的報導，《秒速五厘米》是日本動畫製作人新海誠的第四部作品，憑藉其超華美的CG與動人的音樂，在推出後備受關注，並在當年的亞洲太平洋電影節上獲得"最佳長篇動畫片獎"。聯想到今年早些時候，曾有網友爆出國產動畫片《大嘴巴嘟嘟》涉嫌"抄襲"自日本動畫片《蠟筆小新》，人們當時發現，該片與《蠟筆小新》不僅角色配音很相像，人物的出身、性格也如出一轍，甚至就連一些場景的分鏡頭都驚人的相似。網友們經過對比發現，《心靈之窗》與《秒速五厘米》的很多場景也幾乎完全一致，只要稍許改動，比如減少一些雲彩，挪動一下街上行人的位置，換一下鞋子的顏色等等，就沒有任何區別了，這和之前《大嘴巴嘟嘟》的抄襲行為是基本一致的。對此，有網友感慨說："有那麼多完全雷同的畫面，要我們怎麼相信這會是巧合呢"？ "我算是知道中國動畫一直無法進步的原因了！缺乏原創不要緊，但也不能這樣忽悠覌眾！"甚至還有憤怒的網友跑到日本的相關論壇上去舉報此事，並向對方"道歉"。
報導又說，本報記者9月3號致電中央電視臺負責動畫節目發行的俞經理，她表示，"《心靈之窗》是否涉嫌抄襲，現在臺裡還沒有反饋的信息出來，因此我不方便評論"。而該動畫片的出品方、廣西柳州藍海科技有限公司的工作人員也於3號回應該報記者，質疑此次事件是同行炒作，並宣稱"畫面就是有雷同也無所謂，因為這部動畫是靠故事來勵志的，不是靠畫面。而剛剛在央視播放完畢的《心靈之窗》上部的26集，講述的都是中國的故事，觀眾也是在看故事。"他還表示，該片在央視播出之前，都已經通過了省市各級單位的審核，"廣電總局也把過關了，不然也不可能在央視播出"。對此，有鮮橙網友當即反駁道：不但抄襲，還會給自己找理由，這就好比一個小學生對老師說，我的作文內容是抄襲的，但是這字兒可是我自己寫的。
綜上所述，許多網民紛紛指責該片為山寨動畫。網友阿布的文章則點評說，日本動畫是起源於中國，但現在呢？人家有個《貓和老鼠》，我們就搞出個《藍貓淘氣》；人家有個《棋魂》，我們就搞出個《棋靈王》；人家有個《四驅兄弟》，我們就搞出個《星際飆車王》。這些還都不算什麼，要說抄襲也只是理念上的抄襲，但如今這部《心靈之窗》直接拿人家的畫面，直接竊取人家的背景，這也太過分了，難道中國動畫的特色就是"抄襲"二字嗎？
南都報的文章分析認為，作為文化創意產業的典型代表，國內動畫產業卻一直被創意的缺失所困擾。有業內專家指出，現在許多國內的動畫作品，故事可能是自己編的，但片中的形象卻是借鑒的國外作品，東拼西湊。中國動畫片裡竟然都是美國武打動作，都是變形金剛、蜘蛛俠的動作，因此也就變成了誰都不認可的"四不像"。而文化部文化市場發展中心主任胡月明此前也曾對媒體表示，國內動漫作品缺乏創新設計思路，所有的故事，如果從"藍貓"裡面可以看到，那從"黑貓"裡面也能看到，不斷地循規蹈矩，沒有新穎的東西，這都是我們出不來好作品的關鍵原因。
對此，有網友點評說："國家級的山寨，中央級的盜版"；"原來，中國限制播放日本動畫，就是這個用意啊！" "以後教育下一代，一定要告誡做人不要太CCAV了 " (註：為躲避關鍵詞屏蔽，網友給CCTV改的新名字)。
