由於生豆漿中含有皂甙、胰蛋白酶抑制物和維生素A抑制物，還有豆腥味等。皂甙對消化道黏膜有很強的刺激性，可引起充血、腫脹和出血性炎症，出現噁心、嘔吐、腹瀉和腹痛等症狀，還可抑制蛋白酶致甲狀腺腫等毒副作用；胰蛋白酶抑制身體本身是一種蛋白質，它能選擇性地與胰蛋白酶結合，形成穩定的複合物，從而使胰蛋白酶失去活性，致使蛋白質水解為氨基酸的過程中受到抑制，妨礙膳食中蛋白質的消化、吸收和利用，降低豆漿的營養價值；而維生素A抑制物又能氧化並破壞胡蘿蔔素。
另外，生豆漿中含有豐富的蛋白質、脂肪和糖類，是微生物生長的理想條件。所以，豆漿必須煮熟燒透。煮豆漿時，還必須將上浮的泡沫除淨，再以文火維持煮沸5分鐘左右，使其有害物質被徹底分解破壞，微生物被殺死。
自己怎麼煮豆漿：
要想充分利用大豆中的蛋白質，就必須通過充分浸泡、磨細、過濾、加熱等處理方式，來消除胰蛋白酶抑制素的不利影響。生豆漿加熱到80℃∼90℃的時候，會出現大量的白色泡沫，很多人誤以為此時豆漿已經煮熟，但實際上這是一種"假沸"現象，此時的溫度不能破壞豆漿中的皂甙物質。正確的煮豆漿方法應該是，在出現"假沸"現象後繼續加熱3∼5分鐘，使泡沫完全消失。
有些人為了保險起見，將豆漿反覆煮好幾遍，這樣雖然去除了豆漿中的有害物質，同時也造成了營養物質流失，因此，煮豆漿要恰到好處，控制好加熱時間。
特別提醒：
豆漿雖好，不宜過量。一次喝豆漿過多容易引起蛋白質消化不良，出現腹脹、腹瀉等不適症狀。
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