港府自英殖民政權末期即開始估計兩岸直航對香港經濟的影響，然而都極為粗略，且結論大多不離"短期內會造成替代效應，長期而言隨著兩岸四地經濟大餅擴大，香港整體的經濟始終會受惠"等之類的評估報告。
及至這次臺灣總統大選前，部分部門才重新著手評估情況。
香港貿易發展局轄下的物流發展諮詢委員會上週便召開大會，邀請業界到場，評估兩岸三通對香港物流業的影響，結果部分業界憂心忡忡。
香港貨櫃運輸業職工會副主席謝浪便估計，三通將令香港貨櫃處理量減少達百分之五；由於香港去年（○七年）出口臺灣的空運貨物約達二萬四千五百公噸，香港入口臺灣的空運貨物約達十六萬五千四百公噸，以重量計為全球第二，僅次於美國，而其中大部分是以大陸為起貨點或目的地，估計三通對香港貨櫃運輸會帶來頗重大的負面影響。
香港機場管理局也表示，目前由臺北到港的航班裡，約一成旅客會轉飛大陸，即兩岸直航後，流失的臺灣旅客量約一成，航空公司日後可能需要縮減航班或透過調低票價增加客量。
實際上，多家證券公司在臺灣選舉前即評估兩岸直航對香港航運業的影響；其中，野村國際和匯豐都認為，乘坐臺港航線的旅客有約六成是單純利用香港作為中轉站，預料目前走臺港航線的航空公司中，國泰所受到的影將達到七十萬人次，連同澳門將達一百二十萬人次之多。
近年進港澳或中轉港澳的臺灣旅客約為四百四十萬人次，有的專家甚至評估，直航後到港澳的臺灣旅客，恐將減至二百六十萬人次。
國泰航空名下的港龍航空以大陸線為主，兩岸直航對國泰與港龍的影響最大。不過匯豐認為，港龍透過收購及重組運量，改變航線組合，應可抵消部分影響。
有的評論還認為，臺灣以及大陸產品經香港轉口的貿易總金額去年頭十一個月達到兩百廿一億美元，令香港受益甚豐，但這方面的收入在三通之後，肯定會受到極大影響。
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