《第一財經日報》報導，這份環評報告著重分析和預測了四個方面：鐵路工程建設對沿線高寒植被及其物種多樣性的影響；鐵路工程建設對沿線高寒生態系統的影響；鐵路工程建設景觀影響分析與評價；鐵路工程建設過程中水土流失預測。其中，人們最為關注的是高寒植被及其物種多樣性的破壞程度。「西藏複雜而獨特的自然條件，孕育了豐富多樣的植物資源。」曾經參與此次環評調查的國家環保總局南京環境科學研究所生態研究室主任瀋渭壽稱。
環評報告認為，從鐵路沿線兩公里範圍內分布的主要植物群落類型來看，高山蒿草群落、高山蒿草及禾草群落、藏北蒿草群落是分布面積最大的，分別佔鐵路沿線2公里範圍內群落總面積的21.05%、18.14%和11.13%。鐵路工程建設活動對這些群落類型會造成較大的破壞和影響，除了路基工程的直接佔用造成該類群落植被、土壤的破壞外，路基工程的切割分化，也將導致該類群落的萎縮和退化。
據專家分析，青藏鐵路正常運營期間對沿線生態系統及其物種多樣性的影響較小，而施工期間的一次性干擾和破壞卻是比較大的。青藏鐵路格爾木至拉薩段基本上與青藏公路並行。考慮到青藏鐵路與青藏公路沿線高寒植被的相似性及工程建設影響的相似性，調查人員採用了模擬調查的方法，對青藏鐵路建設工程啟動後，高寒植被的自然恢復情況進行預測。但結果並不樂觀。
調查表明，在年平均降水量兩百毫米以上的地段，破壞三十年後物種豐富度基本上可恢復到破壞前的水平。但植被覆蓋度的恢復要慢得多。在一般情況下，植被覆蓋度恢復到破壞前的水平至少需要四十五年以上；如原始土壤受破壞程度較嚴重，植被覆蓋度的恢復需要六十年以上。
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