1966年，莫平和其他校領導以及老師在學校中遭到紅衛兵的毒打和折磨。他的同事，教導主任姚漱喜不能忍受而自殺。他遭到長期「批鬥」，但是活了下來。1968年，又一輪新的迫害高潮「清理階級隊伍運動」來到的時候，他也忍受不下去了。
莫平在1968年被「隔離審查」，逼他「交代」歷史問題。學校「革命委員會」派了人去莫平的老家，上海南匯縣「外調」。「外調」是當時掌權者的常用術語。他們花費大量的人力財力，到全國各處包括非常遠的地方去調查人的幾十年以前的「歷史問題」，稱之為「外調」。當時的中國普通人根本沒有什麼機會到外地旅行， 「外調」既是政治上得到信任的表示，又是遊玩的機會，自然很吸引整人的人去做。
莫平在1947年國民黨共產黨談判的時候，給共產黨方面作英文翻譯（因為有美國方面介入），並且參加了共產黨。他的父母是國民黨政府駐法國的外交官。他的外婆在南匯縣老家有土地。外婆在給女兒作陪嫁的土地契書上寫了莫平的名字。1968年4月，「外調」人員在南匯縣的地契存根裡查到了莫平的原名「王法祖」，立即打電話到北京的學校，報告這一發現。北京的「專案組」連夜提審莫平，以此為憑據，要把他定為「地主分子」，「階級敵人」中的一類。
「五一節」放假，本來莫平是不可以回家的，但是他請假說要送戶口本回家和他辦離婚手續，得到了准許。其實，他去了北京郊區的昌平縣，在十三陵附近的山上，在一棵樹上吊死了。
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