陳水扁總統上任後，以「即使動搖國本，也要辦到底」的名言，追查尹案和拉法葉艦弊案。2000年7月1日宣佈成立特別調查小組，由最高檢察署檢察長擔任召集人。
為追查拉法葉艦弊案佣金流向，瑞士當局於2001年4月下令凍結汪傳浦家族在瑞士銀行開立的19個佣金帳戶。後汪傳浦提出上訴，瑞士聯邦法院今年5月底判決扣押臺灣通緝要犯汪傳浦的46個帳戶。
極具關鍵性的拉法葉艦弊案文件和9億瑞郎(6億9千萬美元，新台幣230億元)疑似不法佣金，在瑞士凍結長達4年，其間，中共當局、拉法葉艦弊案法國牽涉人士都向瑞士施壓或從中作梗。
瑞士考慮提供臺灣國司法協助，解開拉法葉艦採購弊案之際，中共外交部曾要脅降低外交等級、中斷兩國貿易，逼迫瑞士行政機關拒絕給予臺灣司法協助。中共官員還一度失態對瑞士官員咆哮，引起不少瑞士官員反感。
中共不斷向瑞士施壓，包括利用國家主席胡錦濤、國務院總理溫家寶等人出訪機會，不斷警告瑞士不得將佣金歸還臺灣，中共駐瑞士大使館人員更是三天兩頭對相關單位施壓。
瑞士當局在臺灣行政院長謝長廷簽署不判處汪傳浦死刑保證之下，今年11月8日正式將拉法葉艦軍售弊案50件文件檔案交給臺灣、法國及列支敦斯登三國的司法檢調機構，臺灣調查拉艦弊案及海軍上校尹清楓命案得到最關鍵資料與證據。
瑞士司法部同時指出，因拉艦案被凍結的9億瑞郎將繼續維持凍結，外國當局可在下一個步驟中，向瑞士申請釋放這些資產。拉法葉艦弊案承辦檢察官曾要求臺灣在12月下旬前，申請取回汪傳浦被凍結在瑞士的資產。
至於法國方面，對拉法葉佣金案，則仍另案調查，政界和工業界多人是佣金受惠者。
瑞士將有關拉法葉艦軍購佣金弊案調查資料，提供給臺、法等國做為司法調查之用，讓懸蕩多年的軍購弊案再現破案曙光，臺灣法務部長施茂林11月25日表示，整個軍購弊案輪廓早已查出，瑞士的資料重要性在於能將事實完整連結，是破案「最後一塊拼圖」。
24日陳水扁強調拉法葉案是有史以來最大弊案，有超過新台幣150億元的回扣，「國民黨黨政軍很多人都跑不掉」，重申此案不管涉及的官有多大，肩上星有四顆、三顆，政府絕對辦到底。
民進黨中央26日舉行記者會，表示掌握機密情資，拉法葉艦案佣金4.86億美元，其中有3.66億美元流向中共解放軍。顯示拉法葉佣金流向前中共總書記江澤民、前中國國務院總理朱鎔基等8位中共領導人，國共合作貪污，腐化臺灣
