但是，事件真相並非如此。多年來一直研究此事的俄軍事歷史學家科列斯尼科夫教授查閱了許多內部文獻，走訪了許多當事人，調查發現了整個事件的真相。他得出的結論是：「可以準確地說，這是北約蓄謀已久、精心準備的一次情報偵察行動。我們和美國人早已知道這是一架間諜飛機。事實上，這是一次戰鬥，死亡的人不是官方公布的269名乘客，而是29名美國間諜。」
1983年9月7日，蘇聯政府發表聲明證實蘇軍殲擊機攔截了波音飛機：「蘇聯飛行員在制止入侵飛機時無法判斷這是一架民航飛機，在深夜，在能見度較差的情況下飛行的飛機沒有打開導航燈，而且不回答問詢信號。」
這架波音747是在9月1日凌晨進入蘇聯領空的，此前經常有類似情況發生，最後都得到了和平解決：入侵飛機在做出「迷路」的答覆後立即在蘇聯空軍殲擊機護送下離開蘇聯領空。但是，這架波音飛機不僅沒有飛離蘇聯領空，對蘇軍警告不理不睬，而且立即進行一系列複雜的機動，遠離蘇聯防空區，飛到了部署有洲際導彈的蘇聯絕密核潛艇基地上空。
長期以來，軍事專家無論如何也不明白，蘇軍為什麼沒在波音飛機飛近絕密設施前將其擊落或武力迫降到蘇聯機場。
時任蘇聯遠東軍區司令的特列季亞克大將(後升任蘇聯防空軍司令)日前終於透露了這一秘密。他說：「我是一名身經百戰的老將軍了，已經什麼都不怕了。 20多年過去了，蘇聯不存在了，秘密也就不存在了。我覺得是到了說出事實真相的時候了。第一，從波音飛機進入我們領空的第一分鐘開始，我們就掌握了其乘員與北約情報基地和特工機關所有談話情況。我們本可多次摧毀這架飛機，但沒有做，因為它如果在堪察加上空爆炸，可能會帶來不可彌補的損失，可能會引爆潛艇上的核彈藥或其他設施，其爆炸強度將超過日本廣島核爆炸；第二，如果我們把波音飛機迫降在我們軍事機場，那裡部署有裝備核武器的戰略轟炸機，美國人可能會直接近距離地引爆自己的飛機。」
蘇聯對墜機的調查證明，這種爆炸是完全可能的。波音飛機被蘇軍殲擊機擊中後，又飛行了17公里，才在中立水域上空爆炸墜毀。爆破專家確認，飛機墜毀是由機艙內部威力約4噸的爆炸物引起的，蘇軍發射的導彈沒有這麼大的威力。
特列季亞克大將說：「專家迅速認定，飛機上確實有爆炸物。墜機現場沒有找到任何大的碎片，原因是爆炸威力較大，這些爆炸物是防範蘇軍迫降時用的。乘員有搖控裝置，可以在蘇聯機場引爆飛機。從安克雷奇起飛時，飛機耽擱了40分鐘，使到達蘇聯領空的時間與美國偵察衛星經過堪察加上空的時間一致。這是一架間諜飛機，而且沿從未飛行過的航線飛行，附近有兩個防空導彈營，飛機正好在其飛過，保證自己不會被擊落。」
當時，直接參與此次行動的蘇軍航空師長科爾努科夫少將(1998-2000年升任俄空軍總司令)和副團長、殲擊機飛行員奧西波維奇中校透露了擊落波音飛機的內幕。通常情況下，沒有國防部長的命令，師長或飛行員無權擊落入侵飛機。不過，此次情況特殊，局勢非常明顯，科爾努科夫少將事先沒有得到俄軍總參謀長和西伯利亞軍區司令的批准，自行做主，下令擊落敵機。
奧西波夫說：「我最初想迫降波音747，發了要求其降落的飛行信號，甚至警告性地開火射擊，但波音飛機沒有任何反應，之後突然拋下油箱，實施機動，遠離殲擊機。我當時盡一切所能，追上飛機，它已開始飛離蘇聯邊境。科爾努科夫少將命令我將其擊落，他在師指揮所裡監視所有行動。我發射的第2發導彈命中了目標，但我要說的是，我只是擊傷了飛機，並沒有擊落它，我是看著它遠去的。」
科爾努科夫說：「我們沒有違犯法律，沒有越權，全部嚴格按照命令、條令和法律行事。現在，我還有一些問題：為什麼裝備了最現代化導航設備的波音747 飛機不能判斷自己已嚴重偏離航線，不及時修正？為什麼乘員不回答問詢，卻藉助機載和地面設備進行私人談話？為什麼對奧西波夫飛行員的迫降信號和射擊沒有任何反應？為什麼曾為總統服務過數年的有經驗的機長忽視最基本的規則？為什麼美日地面控制站沒有採取任何措施避免粗暴入侵蘇聯領空？為什麼飛機入境後不與蘇聯方面接觸報告其飛機情況？」
特列季亞克說：「飛機墜毀後，蘇聯領導裝作什麼都沒發生一樣，軍方則在墜機水域積極打撈碎片和乘員屍體。我們決定利用艦艇為美國人製造一個假墜機地點，他們上鉤了，艦艇和直升機開始迅速趕往那個方向。大家最關心的是飛機上到底有多少人，不是說有269名乘客嗎？現在，我可以絕對地說不了，事實上，機上只有29人。機載特種電子設備也泄露了波音飛機乘員從18人增加到29人的情況。確實，是打撈出了269名乘客的行李，但這都是美國故意安排的，以此製造269人死亡的假象，這些乘客可能根本沒在安克雷奇登機。」
