為貫徹陳水扁的指示，行政院將由海巡署從臺灣本島調派二十艘巡防艦、巡防艇與膠筏，於十九日晚緊急集結前往金馬地區執行任務，針對離島當地的安檢、巡防、登檢，皆將施以強勢作為，規模亦歷來罕見，務必讓金馬民眾與對岸瞭解臺灣政府的決心。
高層會議決定，為提早因應秋冬季節來臨前的疫病高峰，政府應在會議結束後就立即行動，自今日起實施金馬澎聯合大掃蕩，對臺灣前線海域執行淨空計畫，同時臺灣本島的各巡防區也將同步進行聯合作業；為確保任務的成果與震撼性，這項機密內容總統府並未對新聞界公布，而由主管單位連夜部署中。
據瞭解，「晴空」專案雖由海巡署主司其職，但十九日與會的國防部長李傑將配合這項任務，調派海軍在遠距離予以監看，以便在萬一發生特殊情況時能立即從旁協助，也具恫嚇作用。
據指出，二十日上午各巡防艦艇駛抵金馬海域，經勤前檢查後，將準時在中午十二點發動威力勤務，除了驅逐所有對岸越界船隻，並配合防疫實行金馬我船的登船臨檢，凡發現有屠體、動植物等走私物品，一律絕不寬貸。
據悉，原本僅有八艘巡防艇的馬祖地區，增派七艘廿噸級以上的巡防艦艇，以及五艘巡防艇、五艘膠筏，將分散於東引、南竿、北竿、東莒、西莒等地區，掃蕩中國漁船。
金門地區原本有六艘廿噸級以上的巡防艦艇，以及四艘巡防艇、四艘膠筏，現增派三艘廿噸級以上的巡防艦艇支援；至於澎湖地區則因現約有十艘的巡防艇，經評估已經足夠，並沒有再加派艦艇。
十九日的國安高層會議中，金馬地區的防務與防疫能力受到重視，被認為是防止中國侵擾、疾病的第一線，尤其開放小三通增添管理複雜度使情勢更為嚴峻，海巡署長許惠佑受命提出報告。
另據國安官員十九日晚指出，中國與臺灣不論是否簽有石油探勘的合作計畫，中國若欲進入我專屬經濟海域，必須在半年前向臺灣提出申請，並經臺灣同意許可後，方可為之，「奮鬥四號」數度擅入臺灣海域均違反相關規定，基於國家安全與利益，臺灣必須加以驅離。
中油探勘竟與中國合作
高層強調，兩岸之間應該相互尊重，不能想來就來，況且海測船的功能不僅探油，包括水文等軍事資訊皆可掌握，因此對岸應依照既定程序辦理，以維護應有的秩序。
十八日遭海巡署船艦驅離的中國海測船「奮鬥四號」，經查是中油公司與對岸中海油公司簽訂的合作探勘船隻。陸委會官員表示，兩岸確曾簽約合作探勘油氣，但其中有嚴格規定，必須先通報臺方相關單位，並不是什麼船都可以隨便進來。
中國海測船「奮鬥四號」，十七日上午被發現在高雄西南西方一百里處，海巡署接獲國防部通知後，立即由南部機動海巡隊調派「福星艦」、「欽星艦」前往驅離。
據瞭解，「奮鬥四號」海測船是臺灣的中油公司與對岸中國海洋石油公司簽訂的「石油合約」探勘計畫一環，雙方為了探勘海峽中線的海底石油天然氣資源，在英屬維京群島另成立「臺南潮汕凹陷石油作業公司」，並租用廣州海洋探勘開發總公司的海測船「奮鬥四號」，申請在今年八月於高雄西南西方外海九十二里處進行海底地質探勘，作業時間二至五天。
|「奮鬥四號」申請核准的探勘座標是北緯二十二度二十二分、東經一百一十八度二十六分，但國防部發現該船的座標與核准座標有出入，差距約八至十里。官員認為，「奮鬥四號」在今年五月間已經犯規侵入臺灣海域，當時未提兩岸石油公司合作之事，現在卻臨時提出，十分怪異，應是託辭。
臺灣海巡署北區機動海巡隊和星艦十七日起，分三航次，接運六十名軍官與舢舨、巡邏艇十艘增援馬祖，昨天把兩艘膠筏及一艘巡邏艇吊上和星艦，晚間九時由基隆港啟航，是增援馬祖的最後一航次，將從二十日起對越區中國漁船進行大掃蕩。
海巡署指出，領軍的一千九百噸和星艦配合各單位支援海巡艦艇，將於增援軍官、巡邏艇全數到位後，組成龐大的船隊，對越區進入我馬祖海域的中國漁船進行大掃蕩。
南巡局於十七日接獲海巡署調度命令，十八日上午將兩艘小型港巡艇以陸運方式運抵基隆港，另有卅二名南巡局官兵也支援北上，經過勤前教育及任務分配後，南巡局的港巡艇及人員當天晚上由北部機動海巡隊「和星艦」搭載出發，於十九日上午抵達馬祖，投入打擊小三通走私的任務。
