作為落實胡錦濤講話和中央會議的措施之一，中共教育部對大學校園的BBS大開殺戒，一下子整肅了南大小百合ＢＢＳ、水木清華ＢＢＳ、北大未名ＢＢＳ、西安交大兵馬俑BBS、浙大海納百川ＢＢＳ、我愛南開ＢＢＳ、上海交大飲水思源ＢＢＳ、復旦大學日月光華ＢＢＳ、北郵真情流露ＢＢＳ、.吉林大學牡丹園站、武漢大學珞珈山水等校園網站，禁止校外網民進入校內網站，實行ID實名制。
教育部的整肅令，引起青年學子及其絕大多數網民憤怒，令世界輿論感到震驚。清華學生在3月18日中午自發聚集在"行勝於言"校訓日晷前，抗議水木清華BBS被關。北大等高校的有些版主用腳投票，已經宣布辭職。大陸網民和海外媒體更是一片批評之聲。甚至大陸的開明報紙也發出委婉的不同聲音。《南方都市報》在3月23日發表署名為長平的評論文章"高校不應建立網路圍牆"；《中國青年報》在3月30日也發表長篇報導《活在BBS》。網名為"henrry"的網友的帖子最能代表民間的呼聲："我淚長流啊！……永遠記住這個日子：2005年3月16日星期三。在這一天的下午，在中國，乃至世界青年華人群體中享有盛譽的清華水木BBS死去了：在一小撮人的強令下，清華水木BBS被活活地纏上裹屍布，……中國最著名、歷史最悠久的網站之一被敢於逆歷史潮流的一小撮人給毀掉了！"
整肅校園的另一措施是清理教師隊伍。中宣部和教育部聯合發文，第一次明確把大學課堂列入宣傳的範圍，要求進一步加強和改進高校思想政治理論課，特別強調要把好高等院校教師的"入口關"，"加強師德建設"，對凡是不按教科書觀點進行授課的教師，要調離教學崗位。還要求各地意識形態主管部門，在書、報、刊、臺、網、手機簡訊之外，對座談會、報告會、研討會、講座等各種形式的思想交流的活動，進行"屬地化"的監管範圍之內。教育部還發出《關於進一步加強和改進師德建設的意見》，其中規定：在教師資格認定和新教師聘用上，要建立師德考評制度，"把思想政治素質、思想道德品質作為必備條件和重要考察內容，對師德表現不佳的教師要及時勸誡，經勸誡仍不改正的，要進行嚴肅處理。對有嚴重失德行為、影響惡劣者一律撤銷教師資格並予以解聘。
於是，寫下《討伐中宣部》的北京大學新聞學院副教授焦國標先生，一直受到來自官方的停課、勸戒、警告、警方監控等壓力，但他並沒有屈從於高壓，堅持自己的言論權利和做人尊嚴。於是，北大校方乘焦先生遠赴美國作研究訪問之機，終於下了狠手，以"不聽規勸"、"一意孤行"的理由將焦先生開除出北大。焦國標馬上發表了《讀路德傳上北大校長萬言書》，再次向意識形態主管部門和北大校方發出挑戰。焦先生痛斥二十一世紀的中共政權和中國大學，遠不及五百年前的羅馬教廷和中世紀的神學院。
顯然，整肅校園網路，試圖把學校和社會隔絕起來，讓大學校園變成只接受官方灌輸的"純潔"陣地；通過ID實名制威懾校內網民，使他們在發言時因恐懼而自律；開除焦國標先生，是用"砸飯碗"的方式來懲處"不聽話"者，進而恐嚇其他教師。
大學乃學術殿堂和育人之地，最需要自由的空氣。遙想民國時期，做過教育總長和北大校長蔡元培先生所言："思想自由，是世界大學的通例。"蔡元培先生當北大校長時，一改舊北大的無自由局面，首創"思想自由，兼容並包"的學術自由和思想自由的新傳統。正是蔡元培先生以自由立校的辦學精神，才把北大變成了中國的自由傳統的搖籃和一流的教育、學術的中心。
同時，當時的大學校長們，也大都敢於為了堅守大學的獨立地位而頂撞衙門的肆意干涉。比如，在五四運動時期，因不滿衙門對北大校務的肆意干涉，蔡元培先生於1919年6月15日發表了《不肯再任北大校長的宣言》，直言："我絕對不能再做不自由的大學校長。"首開中國現代大學校長挑戰權力衙門的先河。
另一位著名知識份子兼社會活動家劉文典（字叔雅）先生，曾任安徽大學校長。1928-1929年間，劉先生曾為捍衛大學尊嚴和保護學生而兩次挑戰蔣介石對大學的蠻橫干涉。劉先生留下的名言，至今讀來仍然擲地有聲："大學不是衙門！"
正因為民國時期的大學還具有獨立性，大學校長們還能保持住學術尊嚴和人格尊嚴，所以，1926"三．一八慘案"發生後，北京各高校和大學校長、教授紛紛譴責段祺瑞政府的。1926年3月23日，北京各界人士、各社會團體、各學校齊聚北京大學大操場，為亡靈們舉行萬人公祭大會。北大代校長的蔣夢麟在會上沉痛地說："我任校長，使人家子弟，社會國家之人材，同學之朋友，如此犧牲，而又無法避免與挽救，此心誠不知如何悲痛。"1946年"一二．一"慘案發生後，時任北大校長的傅斯年趕到昆明，見到對開槍屠殺學生負直接責任的關麟征，第一句話就是："從前我們是朋友，可是現在我們是仇敵。學生就像我的孩子，你殺害了他們，我還能沉默嗎？"
1949年後的中國，毛澤東把高校作為黨權甚至他個人極權的工具。通過一系列針對知識份子的整肅運動，通過全國大學的院系調整，通過意識形態灌輸，徹底取消了大學內的學術獨立和思想自由，已經把大學變成了極權者的馴服工具，致使大學徹底墮落為"黨權工具"，變成毫無創造力的"學術衙門"和培養犬儒的"動物園"。即便在言論自由早已成為普世人權的時代，在二十一世紀的網路時代，中共政權及其教育部治下的大學校園，仍然沒有自由空氣；各大學的校長們，非但不能起而保護校園自由、捍衛大學獨立和師生的權益，反而變成了披著學術頭銜的黨棍。他們對黨權的唯命是從，不但褻瀆了真正的大學精神，也玷污了大學校長的真正職責。
近年來，在中共高層的提倡下，"創建世界一流大學"，已經成為中國高校的奮鬥目標。教育部給名牌大學投入巨資，北大、清華等著名學府的校長接連發出誓言，口號喊得一個比一個響亮。然而，能否把大學辦成一流，靠的絕非封鎖校園、強制灌輸和聽話教育，而是一流的思想創造、學術成果和畢業生。沒有最起碼的學術獨立和思想自由，不讓教授們和學生們獨立思考、暢所欲言，如何能創造出一流的思想和學術的成果，又怎能培養出高質量的人才？
看看今日中國大學的校長們，面對其野蠻性、殘忍性遠遠超過"三.一八慘案"的六四大屠殺，他們中無恥者，爭相表態擁護鄧小平的屠殺令；他們中的良知未泯者，也多是保持沉默。六四之後，恐怖高壓、灌輸洗腦和利益收買，再次把大學改造成黨權的馴服工具。大學校長們對中共高官極盡諂媚之能事，想方設法邀請他們出席XXX年的校慶日。甚至大學的地位高低是以出席重大校慶日的官員級別來標誌的。北大百年校慶可以請到江澤民出席，北師大百年校慶就只能請到李鵬出席。
看看現在的高校，學術抄襲、文憑交易、招生黑幕、槍手論文、官員讀博……校園腐敗的愈演愈烈；奴才道德、木偶意識和犬儒哲學在著名學府大行其道，一些教授們和學生們唯利是圖、口是心非，缺乏起碼的職業道德和理想主義。這樣的大學，造就的只能是諂媚權錢的奴才和唯命是從的木偶。
中國的各級大學與中央政府及其各級主管部門的關係，與通行的官場沒有什麼實質性區別。在大學中，校長不是由獨立的董事會聘任，而是由上級主管部門任命。所以，高校裡也有從上到下的黨務系統，校長、院長、所長、系主任、甚至著名教授們，也是"學而優則仕"的產物，是佔盡政治和學術的雙重利益的受惠者。一方面，他們是上級任命的官員，握有學校的行政權力，其待遇嚴格按照中共官場的級別來確定。享受著副部級、司局級，縣團級、鄉科級的行政待遇。另一方面，他們又是教授、專家、學者、博導，是學術帶頭人、重點科研項目的主持人，也是學術委員會的評審人，握有巨大的學術權力。他們靠到教育部跑項目，用知識包裝權勢者，向官員和富豪賣學位，為其他教師評職稱，壓榨研究生的勞動……來謀取巨大的私利，致使 "學術腐敗"愈演愈烈。
像其他中共官員一樣，大學校長們也是一群媚上欺下的官僚，為了烏紗帽、也為了更多的經費、重點學科和博士點……他們一面巴結教育部官員，一面壓制校內師生的正當權益要求，以維持所謂的"校園穩定"。不要說政治局高官的視察、教育部的部長副部長的指導是天大的事情，就是教育部的一個司局長或處長的光臨，也要盡力滿足"上面來人"的要求。去年，網際網路曾經曝光了南京師範大學的一起醜聞，該校領導為了討好某些教育部官員光臨該校檢查工作，居然強制數位女生為這些北京來的大員陪舞。
中共奴化教育體制下的大學校長以實際的言行宣告：大學就是衙門，校長們就是衙門的門童。只要是來自衙門的指令，一律惟命是從。現在，大學已經"與時俱進"為雙重附庸，不僅是權力的工具，也是金錢的奴僕。而校園中的真正知識份子已經消亡，學術也早已失去應有的尊嚴。極少數敢於堅守知識份子立場和學術尊嚴的教師或學生，都會被作為"不安定因素"或"不聽話分子"而被開除。所以，中國的大學：昔日是"自由的搖籃"，今日是"自由的墳墓"。
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