其時，由於京城政治圈內一些官員也或多或少同情學生，迫使總統徐世昌、總理錢能訓無法完全聽從段祺瑞擺佈，安福系、新交通系壓制學生的計畫因而不能實現。5月7日，三十二名被捕學生獲釋。不久，親日官員也只得引咎辭職，上海和其他地方全面罷課罷市風潮歇止。至此，大家都以為事件已經勝利結束。然而，蔡元培則因事情鬧大了，深感到意外，特別為營救學生得罪了當權的親日派，京中又嘩傳政府將明令免其校長之職，為緩和親日派的憤怒，蔡元培不願因個人去留致使事態進一步擴大，於是，蔡元培5月5日遞交了辭呈，8日聞已允辭，別任馬君昶為校長。得此訊後，蔡元培擔心這一消息發表後，學生會拒馬氏到職再起風波，增加學生與政府之間糾紛，自己則有把持地位戀棧之嫌。同時，一位接近政府的友人也警告他：「如君早去，則彼等料學生當無能為，將表示寬大之意敷衍之，或者不復追究也。」〔2〕
因此，蔡元培剃掉長鬚於5月9日悄然離京，後於《晨報》登了一則廣告，引了《風俗通》與《詩經》裡的幾句話：「殺君馬者道旁兒，民亦勞止，迄可小休，我欲少休矣；北京大學校長，已正式辭去。」表示鬧大了的五四事件出乎個人意料，乃是社會過高期待，致使北大為滿足各方社會呼求而不得不疲於應命。《風俗通》裡原語為：「長吏馬肥，觀者快之，乘者喜其言，馳驅不已，至於死。」蔡元培以被殺之馬自喻，表示自己之所以離京實為苦於應接，萌生倦勤之意，亟思休息。事實上，蔡元培也確實身心疲憊，且憤於無聊無效的公文呈遞，痛感不自由之苦，「不但為校務的困難，實因校務以外，常常有許多不相干的纏繞，度一種旁苦而無功的生活」〔3〕。
他先到天津，再到上海，最後悄然抵達杭州，寓寄從弟臨湖依山之居，後又借寓西湖楊莊。他希望能像傳統文人雅士那樣，歸隱西湖，息心聽林，溫習德法文，準備翻譯一部《西洋美術史》或若干美學名著，決意不再回北大。然而，北大學生卻認為蔡校長乃被逼離京，轟然而起學潮，5月19日北京各校罷課請願，力促政府迎還蔡元培，懲辦親日官員曹、陸、章等人。北京高校的這一罷課舉動，迅即獲得全國各地學生的響應，事情再次鬧大。北大學生組成「南下代表團」，勸請蔡校長回校主持校政，由學生領袖之一的張國燾帶隊。其他方面「勸回」的代表，紛至迭來，彙集杭州西湖。
雖經多方敦請，蔡元培仍不肯回北大。6月15日發表不肯再任北大校長的宣言，稱校長一職須承仰上級官僚鼻息，自己從1916年12月26日接到大總統黎元洪任命出為北大校長，已忍煎受熬兩年半，決不願再嘗滋味。蔡元培還在宣言中說：「我絕對不能再作不自由的校長」，認為各方掣肘太多，借民國元年袁世凱之語抨擊「北京是個臭蟲窠」，對邀請其返校者答以「謹謝不敏」。同時，他在其他場合說自己從來無意鼓勵學生鬧學潮，學生示威遊行，反對接受凡爾賽和約及有關山東問題的條款，乃是出於愛國熱情，實在無可厚非。另一方面，他也敏銳地意識到北大今後將不易維持紀律，學生嘗到了權力的滋味，為勝利而陶醉，慾望會越來越高，自我約束力則越來越鬆懈，恐怕越來越難以滿足。蔡元培在自述中說： 「《易傳》說『小人知進而不知退。』我國近年來有許多糾紛的事情，都是由不知退的小人釀成的。而且退的舉動，並不但是消極的免些糾紛，間接的還有積極的努力。」〔4〕蔣夢麟後來評曰：「有人說他隨時準備鼓勵學生鬧風潮，那太歪曲事實了。」〔5〕最後，迫於北大不能沒有校長這一現實問題，7月14日，蔡元培與三十四歲的留美教育學博士蔣夢麟面商，請其代表自己到校頂職辦差。
果如蔡元培所料，「五四」勝利之後，學生有點忘乎所以，竟取代學校當局，執行起決定聘請或解聘教員的權力來，一旦所求不遂，輒搬出罷課鬧事相要挾。教員如束以紀律或考試上要求嚴格一點，也馬上罷課反對，罷課成為學生手中威脅校方與教師的萬靈法寶。而且，學生還提出一系列極其過分的要求，如要求學校發放春假津貼以補貼旅行費用，學生活動的經費也要由學校補貼，免費發給講義等等。他們向學校予取予求，但從不考慮對學校的義務。蔣夢麟描述道：「他們沉醉於權力，自私到極點。有人一提到『校規』，他們就會瞪起眼睛，噘起嘴巴，咬牙切齒，隨時預備揍人。」〔6〕此時的北大，長幼全無，規矩盡失，當年不過二十六歲的梁漱溟也覺察到學生中有些人的自私，對道德規範的敗落導致青年任意而為率性而行感到失望，「我們沒有法律、司法的意念，……這是我們民族的弊病」
蔣夢麟雖然代行職事，但許多校內糾紛非蔡元培親往而不能處理，迭經函電交馳敦請，蔡元培只得於9月10日離杭啟程，12日抵京，重進北大執掌校政。 1920年冬，蔡元培奉派赴歐美考察教育，於12月底抵法，先後到比、德、奧、意、瑞士、荷蘭、英、美考察，於1921年8月中旬出席夏威夷太平洋教育會議後返國。其出國期間，北洋政府久欠教育經費，各校教職員向政府請願，反遭警衛毆打，故而宣布罷教，各校學生起而聲援，遷延數月，北洋政府乃為補發欠薪，表示歉意，各校始復課。蔡元培回國後，對教師罷教大不以為然，召集北大教職員痛責：學校教育青年不要輕率鬧事罷學，教職員應為學生模範，豈可因索薪罷教，貽誤後生？他堅決要求將罷教期間的薪水交出歸公，得到教職員的附議〔8〕。此後，北大再未發生教職員罷教之事。
1922年10月，北大教務會議通過一項議案，因講義印刷需要費用，規定需要講義的學生必須先購講義券，然後才可得到講義。每學期每門課收入講義費一元，平均每學期每位學生負擔不過六、七元。數百學生馬上集合示威，反對此項規定，包圍蔣夢麟總務長，要求收回成命。蔡元培聞訊，非常震驚，立即趕到現場，親入重圍，告諭學生必須服從學校規定。多數學生散去，但仍有一些示威學生不予理睬，鼓噪叫囂，湧進教室和辦公室，要找主張這條「可惡規定」的人算賬。蔡元培告訴學生，有關講義費的規定由他一人單獨負責。蔡元培氣憤極了，袖子高高捲到肘部以上，兩隻拳頭不斷地在空中搖晃：「有膽的就請站出來與我決鬥。如果你們哪一個敢碰一碰教員，我就揍他！」學生在校長面前圍成半圓形，蔡元培向他們逼近幾步，他們就往後退幾步，始終保持相當距離。往日馴如綿羊靜如處子的謙謙蔡氏，這會兒被激怒了，成了一頭正義之獅。
學生與圍觀者漸漸散去，蔡元培回到辦公室。可門外仍舊聚著五十名左右的學生，堅持要求取消講義費，走廊上擠滿了好奇的圍觀者，事情成了僵局。教務長顧孟余出來打圓場，答應考慮延期收費，這才算將事情解決，平息了這場著名的「講義費風潮」。蔡元培在自述中將這一事件稱之為「十八日少數學生暴動」。事後，蔡元培深感焦慮，表示立即辭職。學生們得知後，翌日上午在大禮堂集會，共商挽留蔡校長之策，學生踴躍參加，座無虛席，登臺發言者均主張挽留校長，台下噓聲一片，反對者竟至上臺毆打，發生衝突。下午在原地重新集會，事前聲明系商議挽留校長會議，不同意者不許參加，到場人數更多，一致決議挽留校長，對滋事學生請學校予以處分。旋召集教授會議，決議將為首滋事的學生馮某開除學籍。可是，傷心失望的蔡元培仍然決定赴歐旅行，再由蔣夢麟代理職事。「講義券事件」後，因北大學生對過激分子的搗亂有所警覺，很長一段時間內再也沒有起過風波。
在清華，「五四」過後也頻起風潮，張煜全、金邦正兩位校長接連被學生列隊「歡送」離校，其後的校長羅忠詒則根本未敢到差，便就被學生驅逐了。清華學子梁實秋後來評述：「罷課次數太多，一快到暑假就要罷課。……罷課這個武器用得次數太多反而失去同情則確是事實。……人多勢眾的時候往往是不講理的。學生會每逢到了五六月的時候，總要鬧罷課的勾當，如果有人提出罷課的主張，不管理由是否充分，只要激昂慷慨一番，總會通過。罷課曾經是贏得偉大勝利的手段，到後來成了惹人討厭的荒唐行為。」 〔9〕「五四」時期，學生上街遊行時砸車燒樓，甚至遷怒於章宗祥之子
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