長期的壟斷經營，在鹽行業內部形成了許多不為外人所知的「黑行規」，這些「黑行規」導致了畸形的產銷利益格局，成為滋生腐敗行為的溫床。在食鹽計畫執行過程中，除負責計畫的個人向生產企業索要回扣、紅包外，各地鹽業公司也都公開向生產企業索取高額回扣，這已是業內不宣之秘。
據有關業內人士反映，沒有一家生產企業敢不給鹽業公司回扣。湖北、江西、重慶等地的鹽生產企業的負責人反映，每年食鹽生產計畫下達後，各生產企業就要忙於和銷區的鹽業公司談以哪種方式回扣及回扣的額度，只有談妥回扣才能保證計畫的執行。而且鹽業公司對回扣不開發票，只開收據，並讓生產企業承擔回扣的稅收。
各地鹽業公司索取回扣時為了達到隱蔽的目的，巧立各種不同名目，主要有以下幾種方式：一、運費補貼。國家規定鹽價應以各廠家離站價（離岸價）結算，為了做到表面上鹽價到位，目前成了按到站價（到岸價）結算，運費由企業承擔，運費補貼成了變相的回扣，而且由生產企業承擔了補貼部分的稅。
二、倉儲補貼。鹽業公司以調鹽後儲藏困難且增加了貯藏成本為藉口，要生產企業給予補貼建倉庫和庫房所用。一家有15萬噸以上食鹽計畫的生產企業負責人告訴記者，每年他們光這筆開支就需600萬∼700萬元，銷售企業建倉庫讓生產企業「埋單」本身不合理，而各地鹽業公司收走這筆錢後也並非真的全用在了倉庫建設上。
三、回籠貨款獎勵。據瞭解，這種回扣方式是倉儲補貼、運費補貼的輔助形式，是鹽業公司向生產企業索取的「獎勵」。但即使貨款給得不及時，回籠貨款獎勵也要照付。不少省市鹽業公司有拖欠生產企業鹽款之習，有的生產企業竟被數家鹽業公司拖欠達數千萬元貨款。還有一家生產企業的770多萬元鹽款被一家鹽業公司從 1994年拖欠至今。
四、調銷獎和超調獎勵。生產企業如得到了額外的計畫，還要付出「調銷獎」和「超調獎勵」之類的回扣。此外，還有以破包費、食鹽指標換實業等名目的索拿卡要手段。不少生產企業對碘鹽基金的使用和儲備鹽的去向提出質疑，認為中鹽公司和各地鹽業公司並沒有把碘鹽基金全部用在碘鹽建設項目上，而是部分作為中鹽集團總股份的投資，用於各地鹽業公司做食鹽小包裝，而並非鹽業公司所說的用在了「保證人民吃上放心鹽」上。
不少鹽業生產企業還有這樣的遭遇：每年的所謂產銷座談會議不斷，其實就是銷區鹽業公司遊山玩水，費用全由生產企業來「埋單」。現在還發展到了出國，有的省鹽業公司領導一年出五六次國，找生產企業承擔費用。生產企業不得不承受鹽業公司的「剝削」，因為對方有食鹽計畫指標。
早在1995年11月，原國家計委、國家經貿委就聯合發布了《關於改進工業鹽供銷體制和價格管理辦法的通知》，對工業鹽實行放開經營。但實際工作中，各地鹽業公司借加強食鹽市場管理之名，把食鹽專營擴大、延伸。除兩鹼（純鹼、燒鹼）工業鹽之外，各地鹽業公司把用於漂染、制革、製冰冷藏等工業用鹽也管理起來，實行壟斷經營和地區封鎖。由於專營帶來巨額壟斷利益，各級鹽業公司竭力強化專營體制，不少省、區的鹽業公司通過地方立法來制定地方性的鹽業管理條例，使壟斷經營合法化。
各地鹽業公司還利用專營手段，從生產企業手中奪取每一個賺錢的環節，使生產企業叫苦不迭。目前絕大多數生產企業供給鹽業公司的是加碘後的50公斤?袋的大包裝袋食鹽，然後由鹽業公司分裝成500克?袋小包裝袋鹽。從科學加碘的角度講，小包裝袋鹽的封裝應留給生產環節，但不少鹽業公司不願讓出這一塊利益，自己上小包裝袋廠、罐裝廠。
據瞭解，這些企業一般是集體所有制企業，鹽業公司可變相通過這些集體企業轉移利潤進入小金庫後支配，使不正當得利「合法化」。即便是一些生產廠家得到部分小包裝袋食鹽的委託罐裝任務，小包裝袋也要由鹽業公司提供。一位生產企業的市場負責人說：「生產企業用的包裝袋由鹽業公司提供，甚至封口的包裝線都要由他們來提供，專營到這個地步，太過分了。」
目前，食鹽每噸出廠價約為400元∼500元左右，經過三級鹽業公司後，最終以每噸1500元左右的價格到零售點，賣到消費者手中每噸就到了2000元左右。被各地鹽業公司強行列入壟斷銷售之列的小工業鹽，出廠時含稅價為每噸100元∼200元，但不少地區的鹽業公司轉手就以3倍左右的價格賣給了用鹽企業。
南方幾個省的一些鹽業定點生產企業的負責人曾在一起算過一筆賬，銷區的鹽業公司利潤大體是生產企業利潤的10倍左右，不少生產企業被鹽業公司「盤剝」後微利或虧本經營，根本沒有資金用於技術改造，使我國鹽行業的生產水平遠遠落後於國際水平。
釀造、醃製等調味品加工行業本屬微利行業，但其遭鹽業公司「盤剝」更甚。瀋陽市青花副食釀造有限責任公司於2003年初被通知其生產用鹽必須加碘，鹽價每噸由270元漲至500元，後與瀋陽市鹽業公司討價還價才給了375元的「照顧價」
北京國美味食品釀造有限責任公司是一家小型調味品釀造企業，該企業和北京市鹽業公司結算的日晒鹽每噸為450元，而這些產自「河北省灤南第一鹽業有限責任公司」的日晒鹽，出廠價每噸只需100多元，鹽業公司一轉手就成了450元。據記者瞭解，國美味食品釀造有限責任公司附近的六必居、天源醬源等調味品加工企業，使用的都是這種大粒工業鹽，因為這些鹽是通過鹽業公司購進的，所以「不算違法」。
制鹽和用鹽企業的負責人說，食鹽銷售環節「暴利」驚人，是近年來「私鹽」屢打不絕的根本原因。價差帶來的高額利潤使用鹽企業和生產企業冒險直接達成供需見面，而鹽業公司把凡是繞開他們銷售的正規廠家生產的合格碘鹽和工業鹽統統稱作「私鹽」，並列為打擊重點，因為這種「私鹽」損害了他們的壟斷利益，而真正的偏遠落後地區合格碘鹽的普及和市場淨化工作卻沒有很好地跟進。
近年來，鹽業公司內部執法犯法倒賣「私鹽」的現象屢禁不止，私鹽販子與鹽業系統內部人員勾結販私鹽的事件也屢見不鮮，這都是由於「暴利」的驅動。
鹽行業存在的諸多弊端以及由此造成的種種負面影響，其根源在於政企不分、高度壟斷的鹽業管理體制。現行鹽業體制在保障碘鹽供應、消除碘缺乏病等方面曾發揮過積極的作用，但在市場經濟的條件下，這種計畫色彩濃厚的管理體制已明顯弊大於利。特別是各級鹽業公司借食鹽專營之名，行壟斷經營之實，政企不分的管理體製成了各級鹽業公司攫取巨額壟斷利益的保護傘，嚴重損害了制鹽、用鹽企業乃至消費者的利益。
「在這種管理體制下，鹽業公司既是運動員又是裁判員，他們怎麼能做到公平行政、公正執法？其結果就是各鹽業公司為獲取利益的最大化，『吹黑哨』，把制鹽企業壓榨得在生死邊緣徘徊。」湖北省一家鹽廠的負責人這樣說。江西省一家生產企業負責人認為，這種鹽業管理體制為鹽業公司搞尋租、為一部分人搞腐敗提供了條件，對鹽業公司來說日子過得很好，可謂「朱門酒肉臭」，對制鹽企業來說，日子過得很苦，可謂「路有凍死骨」。
不少被採訪的制鹽和用鹽企業認為，有了這樣既能經營又能執法的「部門」，鹽業公司與鹽業生產企業的關係不可能像正常市場化生存的企業一樣，各級鹽業公司可以不遵守規則，永遠是贏家。「強買強賣」難以分清到底是企業行為還是政府行政行為。廣東省一家外商投資的紡織漂染企業投訴時形象地說，鹽業公司是握著計畫的權，賺著市場的錢。
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