自由時報報導說，面對中國漁船的登岸要求，海巡署署長許惠佑已緊急調派兩艘五百噸級的巡防艦馳援，準備驅離。
十二月二日下午四時許，臺灣海巡署署本部接獲陸委會轉知中華搜救協會的傳真函，表示東沙島附近海域有四十五艘中國海南島籍漁船，約有一千一百廿五名船員，因「南瑪都」颱風欲申請至東沙島避風、登岸。
海巡署依當時颱風消息判斷，中國漁船尚有足夠時間返航中國或香港，並非一定要靠泊東沙不可，且評估島上僅有兩百餘名海巡官兵，若大批中國漁民登岸，恐徒增是非。
海巡署經討論後回覆對方，指東沙島上並無設施可容納中國漁民登島遮蔽，且無停泊船隻處所，亦無足夠食物飲水可滿足登島漁民，海巡署囑請中華搜救協會轉知中國，通知在臺灣海域作業的中國漁船盡速返航避風。
海巡署同時通知在島上的東沙指揮部，告知有大批中國漁船於附近海域，東沙指揮部遂加強監控；深夜十一時許，東沙指揮部雷達監控發現，距東沙島岸邊約六點七里至九點六里海域，仍有廿四艘中國漁船不願駛離。
因這批漁船意圖不明，面對此情況，海巡署聯繫陸委會再次通報中國方面妥善處理，並透過國家搜救中心聯繫最近的「香港搜救中心」，通知這批漁船離去，另覓適當區域避風。
三日中午，海巡署多次勸離這些漁船無效，且海象不佳，最大陣風已達十一級，漁船劇烈晃動，基於人道立場，遂原則同意這廿四艘漁船，在東沙島東側海域環礁一處較能避風的位置避風，人仍留船上；並責成東沙指揮部完成相關緊急應變措施，隨時給予物資、醫療的協助與兵力整備。海巡署指示前線指揮官可自行判斷，若漁船遇風有立即危險，可同意緊急登島，登島後則集中管理、注意安全，並請國家搜救中心協調香港方面，確認船員身份與船舶資料。
海巡署署長許惠佑研判這些漁船的動機可疑，不排除是對岸的小動作，在署本部成立緊急應變小組，令相關主管進駐，監控前線的發展。
這時海巡署準備若有必要，將向國家搜救中心申請專機，接運許惠佑赴東沙應變，同時指示海洋總局所屬的五百噸級臺北艦、花蓮艦待命，一度氣氛相當凝重。
四日上午十時許，海岸巡防總局接獲交通部任務管制中心的通報，表示中國籍的「南海一五九號」拖船，已抵達中國漁船滯留的海域附近，補給水與糧食。下午二時許，颱風警報解除，這批中國漁船離岸，仍滯留東沙島附近海域不去，海巡署緊急應變小組仍責成東沙指揮部持續監控。
由於大量中國漁船不願離去，七日中午，臺北艦、澎湖艦遂啟程趕赴驅離、掃蕩。
八日上午七時許，臺北艦、澎湖艦抵達時，東沙島仍有卅四艘中國漁船，在東沙島東方三點一至九點五里處作業，直至晚間，因海象不佳，兩艦無法放下小艇執行驅離，現仍持續監控中；總計此次狀況，自二日迄昨已歷時一週。
