由於臺南市連宋陣營質疑扁呂三一九當天的槍擊事件，違反總統選舉的公平性，因此向法院提出證據保全的請求，做為未來訴訟之用。
昨上午十點左右，臺南地方法院法官洪碧雀與杭起鶴等人由連宋陣營委任律師查名邦隨行，前往奇美醫學中心執行證據的保全。奇美方面則由法律顧問蔡淑文協助處理，副院長邱仲慶、急診部主任林宏榮等高階主管也到場因應。
對於地院的要求，奇美醫學中心相當配合，提供所需的資料，經過五個多鐘頭的調閱，最後查封了病歷、Ｘ光、就診記錄與監視器影像等六項物品。
查封物品包括陳總統的病歷原本（共十五頁）、呂副總統的病歷原本（共十三頁）、陳總統的Ｘ光片拷貝片（六張，含三張電腦斷層掃瞄）、呂副總統的Ｘ光片拷貝片（三張）、報告單和申請單影印本（共九張），以及監視系統的光碟（六片）與ＶＨＳ錄影帶（一卷）等。
其中又以影像部分的調閱作業最為費時，法官查封的是急診室區與入口的監視器影像記錄，自三月十九日下午一點五十七分起到當晚八點止。
從監視畫面可看出陳總統在沒有隨扈的攙扶下，很堅強地走入急診室，護理人員立即拉起布幕，展開治療，也能見到部分呂副總統的就醫過程。
法官執行證據保全期間，不少泛藍支持者前往奇美抗議，並聲稱握有民進黨作票的情資，高喊選舉不公，要求醫院說明總統槍擊的真相，永康分局調集大批警力戒護。
而民進黨籍立委張秀珍與南縣議員黃偉哲也到場關切，並透過媒體呼籲泛藍群眾要理性、冷靜，一切由法律途徑解決。
對於外界的質疑，副院長邱仲慶指出，奇美是單純醫療機構，不論國家元首或普通民眾，都以救人第一，絕無政黨色彩，而且生病的人，也沒有藍綠之分，希望槍擊事件的政治聯想能到此為止。
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