蔡英文並指出，過去政府在衡量直航的利弊影響時，已經考慮到疾病的問題，只不過現在這個問題所佔的比重比以前大。目前臺灣有部分人士擔心，未來一旦開放直航，中國的各種疾病將會更直接、更快地散佈到臺灣來。未來政府在開放直航前，將會先觀察中國是否有能力可以控制疾病與其他的危險因素。
蔡英文說，SARS讓國內企業重新評估在大陸做生意的風險，現在已經有廠商開始討論分散風險，例如在歐洲等地設立其他生產中心等。政府瞭解企業為何要前往中國投資設廠，但會提醒業者應該要更加務實。
對於臺灣加入世界衛生組織（ＷＨＯ）的問題，蔡英文表示，若中國以「一中原則」作為臺灣入會的條件，那真的很荒謬，當今全球化與科技發展已經使得國界變得不如以往重要。ＷＨＯ是一個功能性機構，不是政治組織。臺灣是以我們所面對的衛生問題來看待ＷＨＯ，當然其中或許會有某些象徵意義，但這沒有什麼不對，臺灣有權利和需要來為自己講話。
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