臺灣交通部長林陵三在星期三下午的記者會上表示，肇事客機的駕駛艙聲音記錄儀以及飛行資料記錄儀據信在臺灣外島澎湖附近的海中。
林陵三說，經過整個早上的搜索行動後，他們已經確定這兩個記錄儀（黑匣子）的所在位置。
林陵三同時表示，飛機的一大塊殘骸的位置也確定就在附近。
原因不明
到目前為止，工作人員找到的飛機殘骸碎片不多，臺灣當局仍然不清楚導致這次意外的真正原因。
肇事的波音747-200型客機是在上週六在飛往香港途中，在起飛後20分鐘墜毀的。到目前為止，沒有找到任何生還者。臺灣當局已經找到了大約90具屍體。意外發生時，飛機上共有225人。
在星期三早些時候，臺灣當局表示，將請美國和中國提供有關的雷達和衛星照片，以協助找尋殘骸工作。
由於意外發生後搜救行動遲遲沒有進展，不少死難者親屬猛烈批評了華航的應變方法。
一些臺灣政界人物也呼籲臺灣當局改革華航。
專家調查
美國航空安全專家已經參與意外調查工作。
臺灣官員表示，美國專家參與調查是因為他們在另外兩宗類似意外中掌握了有關經驗。
他們所指的另外兩宗意外是環球航空公司一架波音飛機在1996年在美國紐約附近墜毀事件，以及瑞士航空公司一架麥道11型飛機在1998年在紐約前往加拿大途中墜毀的意外。
調查人員後來說，環球航空飛機是因為油艙爆炸導致意外的。
航空專家已經就華航意外提出幾個不同的理論，其中包括：飛機內部發生爆炸、飛機內突然減壓、飛機在空中發生碰撞，以及軍事活動導致意外等。
有關方面已經排除了惡劣天氣導致意外的可能性，以及空中交通協調員提供錯誤資料等原因。
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